พ.ศ. 2535 รัฐบาลได้จัดตั้ง คณะกรรมการนโยบายพลังงานแห่งชาติ ซึ่งเป็นหน่วยงานในระดับกรม สังกัด สำนักนายกรัฐมนตรี ทำหน้าที่ดูแลภาพรวมด้านพลังงานของประเทศ แต่เนื่องจากหน่วยงานด้านพลังงานต่างกระจายออกไปสังกัดในกระทรวงที่ต่างกัน ทำให้มีปัญหาในเรื่องการประสานงาน รัฐบาล พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร จึงมีมติเมื่อวันที่ 2 พฤศจิกายน พ.ศ. 2544 จัดตั้ง “ทบวงพลังงาน” และต่อมาเมื่อวันที่ 9 มกราคม พ.ศ. 2545 ที่ประชุมร่วมระหว่างนายกรัฐมนตรี กับรองนายกรัฐมนตรี ที่กำกับการบริหารราชการแต่ละกระทรวง ทบวง รวม 5 ท่าน ได้มีมติให้ยกระดับส่วนราชการ “ทบวงพลังงาน” เป็น “กระทรวงพลังงาน”

กระทั่งพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวง กรม พ.ศ. 2545 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา จึงถือเป็นการก่อตั้งกระทรวงพลังงานอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2545