การบริหารแผ่นดินในต้นรัตนโกสินทร์นั้น คงดำเนินตามแบบที่ได้ทำมาแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี ผิดแต่ว่ามีกรมต่าง ๆ เพิ่มขึ้นบ้าง แต่หลักของการบริหารนั้น คงมีอัครมหาเสนาบดี 2 ตำแหน่ง คือ สมุหกลาโหม ว่าการฝ่ายทหาร สมุหนายก ว่าการพลเรือน ซึ่งแบ่งออกเป็นกรมเมืองหรือกรมนครบาล กรมวัง กรมคลัง และกรมนา

ครั้นถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งทรงบรรลุนิติภาวะเสด็จขึ้นเสวยราชสมบัติด้วยพระองค์เองเมื่อ พ.ศ. 2416 นั้น เนื่องจากพระองค์ได้เสด็จต่างประเทศดูแบบแผนการปกครองที่ชาวยุโรป นำมาใช้ในสิงคโปร์ ชวา และอินเดียแล้ว ทรงพระราชปรารภว่า สมควรจะได้วางระเบียบราชการ บริหารส่วนกลางเสียใหม่ตามแบบอย่างอารยประเทศ โดยจัดจำแนกราชการเป็นกรมกองต่าง ๆ มีหน้าที่เป็นหมวดเหล่า ไม่ก้าวก่ายกัน ดังนั้นใน พ.ศ. 2418 พระองค์จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้แยกกระทรวงพระคลังออกจากกรมท่า หรือต่างประเทศ และตั้งหอรัษฎากรพิพัฒน์ทำหน้าที่เก็บรายได้ของแผ่นดินทุกแผนกขึ้นเป็นครั้งแรก

ต่อจากนั้น ได้ทรงปรับปรุงหน้าที่ของกรมต่าง ๆ ที่มีอยู่มากมายเวลานั้นให้เป็นระเบียบเรียบร้อยโดยรวมเข้าเป็นกระทรวง กระทรวงหนึ่ง ๆ ก็มีหน้าที่อย่างหนึ่งหรือหลายอย่างพอเหมาะสม กระทรวงซึ่งมีอยู่ในตอนแรก ๆ เมื่อเริ่มเถลิงราชสมบัตินั้นเพียง 6 กระทรวง[ต้องการอ้างอิง] คือ

• กระทรวงมหาดไทย มีหน้าที่ปกครองหัวเมืองฝ่ายเหนือ
• กระทรวงกลาโหม มีหน้าที่ปกครองหัวเมืองฝ่ายใต้ และการทหารบก ทหารเรือ
• กระทรวงนครบาล มีหน้าที่บังคับบัญชาการรักษาพระนคร คือปกครองมณฑลกรุงเทพฯ
• กระทรวงวัง มีหน้าที่บังคับบัญชาการในพระบรมมหาราชวัง
• กระทรวงการคลัง มีหน้าที่จัดการอันเกี่ยวข้องกับต่างประเทศ และการพระคลัง
• กระทรวงเกษตรพานิชการ มีหน้าที่จัดการไร่นา

เพื่อให้เหมาะสมกับสมัย จึงได้เปลี่ยนแปลงหน้าที่ของกระทรวงบางกระทรวง และเพิ่มอีก 4 กระทรวง รวมเป็น 10 กระทรวง คือ

• กระทรวงการต่างประเทศ แบ่งหน้าที่มาจากกระทรวงการคลังเก่า มีหน้าที่ตั้งราชทูตไปประจำสำนักต่างประเทศ เนื่องจากเวลานั้นชาวยุโรปได้ตั้งกงสุลเข้ามาประจำอยู่ในกรุงเทพฯ บ้างแล้ว สมเด็จกรมพระยาเทววงศ์วโรปการ เป็นเสนาบดีกระทรวงนี้เป็นพระองค์แรก และใช้พระราชวังสราญรมย์เป็นสำนักงาน เริ่มระเบียบร่างเขียนและเก็บจดหมายราชการ ตลอดจนมีข้าราชการผู้ใหญ่ผู้น้อยมาทำงานตามเวลา ซึ่งนับเป็นแบบแผนให้กระทรวงอื่น ๆ ทำตามต่อมา
• กระทรวงยุติธรรม แต่ก่อนการพิจารณาพิพากษาคดีไม่ได้รวมอยู่ในกรมเดียวกัน และไม่ได้รับคำสั่งจากผู้บังคับบัญชาคนเดียวกัน เป็นเหตุให้วิธีพิจารณาพิพากษาไม่เหมือนกัน ต่างกระทรวงต่างตัดสิน จึงโปรดเกล้าฯ ให้รวมผู้พิพากษา ตั้งเป็นกระทรวงยุติธรรมขึ้น
• กระทรวงโยธาธิการ รวบรวมการโยธาจากกระทรวงต่าง ๆ มาไว้ที่เดียวกัน และให้กรมไปรษณีย์โทรเลข และกรมรถไฟรวมอยู่ในกระทรวงนี้ด้วย
• กระทรวงศึกษาธิการ แยกกรมธรรมการและสังฆการีจากกระทรวงมหาดไทย เอามารวมกับกรมศึกษาธิการ ตั้งขึ้นเป็นกระทรวงธรรมการมีหน้าที่ตั้งโรงเรียนฝึกหัดอาจารย์ฝึกหัดบุคคลให้เป็นครู สอนวิชาตามวิธีของชาวยุโรป เรียบเรียงตำราเรียน และตั้งโรงเรียนขึ้นทั่วราชอาณาจักร

ทั้งนี้ได้ทรงเริ่มจัดการตำแหน่งหน้าที่ราชการดังกล่าวตั้งแต่ พ.ศ. 2431 จัดให้มีเสนาบดีสภา มีสมาชิกเป็นหัวหน้ากระทรวง 10 นาย และหัวหน้ากรมยุทธนาธิการ กับกรมราชเลขาธิการ ซึ่งมีฐานะเท่ากระทรวงก็ได้เข้านั่งในสภาด้วย รวมเป็น 12 นาย พระองค์ทรงเป็นประธานมา 3 ปีเศษ

แต่เดิมเสนาบดีมีฐานะต่าง ๆ กัน แบ่งเป็น 3 คือ เสนาบดีมหาดไทยกับกลาโหมมีฐานะเป็นอัครมหาเสนาบดี เสนาบดีนครบาล พระคลัง และเกษตราธิการ มีฐานะเป็นจตุสดมภ์ เสนาบดีการต่างประเทศ ยุติธรรม ธรรมการและโยธาธิการ เรียกกันว่า เสนาบดีตำแหน่งใหม่ ครั้นเมื่อมีประกาศ เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2435 จึงเรียกเสนาบดีเหมือนกันหมด ไม่เรียกอัครเสนาบดี