กระปรอดเล็กมีลำต้นเป็นเหง้าอวบ ยาว ปกคลุมด้วยเกล็ดสีน้ำตาลอ่อนถึงน้ำตาลเข้ม ใบมีสองแบบ ใบกาบ (sterile frond) และใบสปอร์ (fertile frond) ใบกาบไม่สร้างสปอร์ ยาวได้ถึง 36 ซ.ม. กว้าง 10 ซ.ม. ขอบใบหยักละเอียด ปลายหยักเรียวแหลม ร่างแหของเส้นใบสันนูนมองเห็นได้ชัดเจน ใบสปอร์เป็นใบประกอบแบบขนนก ปลายเดี่ยว ยาว 3-4 ฟุต ใบย่อยรูปรี ปลายเรียวแหลม มีก้านใบย่อยสั้นๆ อับสปอร์ เรียงตัวเป็น 1 แถวขนานไปกับเส้นกลางใบย่อยทั้งสองข้าง อับสปอร์จมอยู่ในผิวใบ ปูดนูนขึ้นมาถึงด้านหน้าใบ[2]