เกมนี้เกิดขึ้นในปีกราเดียน 6664 โดยเป็นสองปีก่อน "เหตุการณ์ฝันร้ายอันเงียบงัน" ดาวเคราะห์แอนติชธอน ซึ่งเป็นเขตอารักขาของจักรวรรดิกราเดียน ก็นิ่งเงียบอย่างน่าพิศวง รายงานนี้จัดทำโดย ดร.เวนอม ผู้อำนวยการทั่วไปของสำนักงานวิทยาศาสตร์อวกาศ ซึ่งระบุว่าคอมพิวเตอร์แม่ของแอนติชธอนที่ตอนนี้อยู่ภายใต้การควบคุมของพวกแบคทีเรียน

โดยตระหนักว่าภัยคุกคามจากพวกแบคทีเรียนอาจใกล้เข้ามา รัฐบาลกราเดียนจึงใช้กองกำลังกราเดียนเพื่อต่อสู้กับภัยคุกคามดังกล่าว ในหมู่พวกเขามีพันเอกพิเศษ เจมส์ เบอร์ตัน ผู้ซึ่งเอาชนะพวกแบคทีเรียนเมื่อไม่กี่ปีก่อน และจากการสนับสนุนโดยโปรแกรมปัญญาประดิษฐ์พร้อมติดอาวุธที่ชื่อเกาดีนั้น เจมส์ เบอร์ตัน ได้ออกเดินทางในเครื่องบินรบไฮเปอร์สเปซที่รู้จักกันในชื่อวิกไวเปอร์ ด้วยความหวังว่าเขาจะสามารถต่อสู้กับภัยคุกคามใหม่ของแบคทีเรียน แต่เจมส์ไม่รู้ว่ายังมีอะไรอีกมากรอเขาอยู่