จากนั้นชีวิตราชการของ พล.อ.กฤษณ์เติบโตขึ้นมาเป็นลำดับในกองทัพภาคที่ 1 (และเป็นแม่ทัพภาคที่ 2 ด้วยในช่วงหนึ่ง) จนกระทั่งได้เป็นแม่ทัพภาคในปี พ.ศ. 2506 [4] และขึ้นเป็นรองผู้บัญชาการทหารบกในปี พ.ศ. 2509 [5] จากนั้นในรัฐบาลจอมพลถนอม กิตติขจรได้รับแต่งตั้งให้เป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงกลาโหม[6] และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงอุตสาหกรรมตามลำดับและเป็นสมาชิกวุฒิสภาอีกตำแหน่งด้วย

ในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2516 ได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้บัญชาการทหารบกต่อจากจอมพลประภาส จารุเสถียร ที่ดำรงตำแหน่งรองผู้บัญชาการทหารสูงสุดเพียงตำแหน่งเดียว [7]

พล.อ.กฤษณ์ เป็นบุคคลแรกในกองทัพที่ปฏิเสธไม่รับตำแหน่งจอมพลจนถือเป็นประเพณีปฏิบัติตั้งแต่เหตุการณ์ 14 ตุลาเป็นต้นมาไม่มีการแต่งตั้งนายทหารยศจอมพลในประเทศไทยอีกโดยพลเอกกฤษณ์ขอรับพระราชทานแค่ยศ พลเรือเอก และ พลอากาศเอก พร้อมกับ พลเอก สุรกิจ มัยลาภ เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2516 [8]

หลังเหตุการณ์ 14 ตุลา พล.อ.กฤษณ์ได้เป็นรักษาการผู้บัญชาการทหารสูงสุด จนกระทั่งเกษียณอายุราชการในปี พ.ศ. 2518 และได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมในรัฐบาลหม่อมราชวงศ์เสนีย์ ปราโมช ในปี พ.ศ. 2519[9] แต่หลังจากรับตำแหน่งได้ไม่นาน ก็ถึงแก่อสัญกรรมอย่างกะทันหันที่โรงพยาบาลพระมงกุฎเกล้าเมื่อวันที่ 23 เมษายน พ.ศ. 2519 โดยสาเหตุการอสัญกรรมยังคงเป็นที่สงสัย เพราะก่อนหน้านั้น พล.อ.กฤษณ์ได้เล่นกอล์ฟและรับประทานข้าวเหนียวมะม่วงเพียงเท่านั้น

พล.อ.กฤษณ์ สีวะรา มีผลงานสำคัญในขณะดำรงตำแหน่งแม่ทัพภาคที่ 2, ผู้บัญชาการทหารบกและรักษาราชการผู้บัญชาการทหารสูงสุด ได้พยายามมอบนโยบายแก่ผู้บังคับบัญชาของกองทัพภาคที่ 2 เพื่อหาทางวางกำลังทหารที่จังหวัดสกลนคร ทำให้มีหน่วยทหารเข้ามาตั้งในพื้นที่เพื่อทำการปราบปรามผู้ก่อการร้ายจนเป็นที่ยำเกรงของอริราชศัตรู ทำให้ประชาชนได้รับความอบอุ่นโดยทั่วกัน กองทัพบกจึงได้อนุมัติให้ตั้งชื่อค่ายกองพันที่ 1 กรมทหารราบที่ 3 จังหวัดสกลนคร ว่า "ค่ายกฤษณ์สีวะรา" เพื่อเป็นอนุสรณ์