ประเทศญี่ปุ่นเป็นหมู่เกาะ มีเกาะขนาดใหญ่มาก ๆ ถึง 4 เกาะและเกาะเล็ก ๆ อีกสามพันกว่า ๆ มีทะเลล้อมรอบทั้งทะเลญี่ปุ่นที่ใกล้ทวีปเอเซีย และทางมหาสมุทรแปซิฟิค ที่เป็นทะเลเปิด เพราะฉะนั้น กองกำลังป้องกันตนเองทางเรือของญี่ปุ่น (JMSDF) จึงต้องจัดวางกำลังและขีดความสามารถในการป้องกันตนเองให้มากที่สุดกองกำลังป้องกันตนเองทางเรือของญี่ปุ่น (JMSDF) มีกำลังพลประมาณ 45,800 นาย

กองเรือภาคที่ 1 มีฐานทัพเรืออยู่ที่ โยโกซูกะ ซึ่งรับผิดชอบด้านตะวันออกและตอนกลางของเกาะญี่ปุ่นที่ติดกับมหาสมุทรแปซิฟิค

กองเรือภาคที่ 2 มีฐานทัพเรืออยู่ที่ ซาเซโบะ รับผิดชอบทางตะวันตกเฉียงใต้ของเกาะญี่ปุ่นหรือทะเลญี่ปุ่นตอนล่าง

กองเรือภาคที่ 3 มีฐานทัพเรืออยู่ 2 แห่งคือที่ มาอิซุรุ และ โอมินาโตะ มีพื้นที่รับผิดชอบครอบคลุมพื้นที่ตอนกลางของญี่ปุ่นที่ติดทางฝั่งทะเลญี่ปุ่นและตอนเหนือของญี่ปุ่นคือรอบ ๆ เกาะฮกไกโด

กองเรือภาคที่ 4 มีฐานทัพเรืออยู่ที่ คุเระ มีพื้นที่รับผิดชอบตอนกลางช่วงล่างของญี่ปุ่นและพื้นที่โดยรอบเกาะชิโกกุ ที่ติดกับฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิค