แนวคิดของหน่วยตำรวจน้ำเล็ดลอดออกมาในช่วงสมัยของกองตำรวจฟิลิปปินส์ที่นำไปสู่การก่อตั้งกองพันทางทะเลซึ่งเรียกว่ากองพันตำรวจต่อต้านอาชญากรรมนอกชายฝั่ง (COSAC) เมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1971 กองพันดังกล่าวได้รับมอบหมายให้ปราบปรามกิจกรรมทางอาญาทั้งหมดที่มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม หลังจากที่มีการจัดตั้งกรมตำรวจแห่งชาติฟิลิปปินส์ผ่านทางสาธารณรัฐบัญญัติ ฉบับที่ 6975[3] ส่วนกองบัญชาการตำรวจทางทะเล (MARICOM) ได้รับการก่อตั้งเมื่อวันที่ 16 มกราคม ค.ศ. 1991 โดยอาศัยอำนาจตามคำสั่งหมายเลข 58 ของนายพลตำรวจแห่งชาติฟิลิปปินส์ กองบัญชาการกองทัพเรือ ในฐานะหนึ่งในหน่วยสนับสนุนระดับชาติของกรมตำรวจแห่งชาติฟิลิปปินส์ ซึ่งสมาชิกดั้งเดิมของกองบัญชาการนาวิกเป็นกำลังพลของกองตำรวจฟิลิปปินส์, กองทัพเรือฟิลิปปินส์, ตำรวจแห่งชาติแบบผสม และหน่วยยามฝั่งฟิลิปปินส์ ครั้นวันที่ 12 กันยายน ค.ศ. 1996 สำนักงานคณะกรรมการตำรวจแห่งชาติ (ฟิลิปปินส์) ได้ออกมติหมายเลข 96-058 เปลี่ยนชื่อกองบัญชาการตำรวจนาวิก (MARICOM) มาเป็นกองตำรวจน้ำ (MG)[4]