มีลักษณะโดยรวมคล้ายกับแมงกะพรุนที่พบในทะเล มีลักษณะโปร่งแสง ใส สีขาว มีเส้นผ่าศูนย์กลางลำตัวเพียง 1-2 เซนติเมตรเท่านั้น เมื่อจับขึ้นมาพ้นน้ำแล้ว จะมองเผิน ๆ เหมือนคอนแทคเลนส์ จัดเป็นแมงกะพรุนขนาดเล็กมาก บริเวณขอบร่างกายมีหนวดเล็ก ๆ ซึ่งมีผิวเป็นปุ่มเล็ก ๆ ซึ่งเป็นเข็มพิษ จำนวนมาก ที่เมื่อจับต้องถูกตัวจะให้เกิดอาการคันหรือปวดแสบปวดร้อนได้ บริเวณกลางลำตัวมีปากที่ยื่นยาวคล้ายแตรที่ขยายออกบริเวณช่องเปิดด้านล่าง บริเวณขอบลักษณะเป็นรอยหยัก 3 แฉก ปากดังกล่าวจะเชื่อต่อถึงกระเพาะอาหารโดยตรง บริเวณด้านในของร่างกายที่มีลักษณะคล้ายร่ม มีเนื้อเยื่อบาง ๆ ทอดผ่านไปบริเวณขอบในแนวรัศมี 4 ส่วนเท่า ๆ กัน โดยแนวเหล่านี้จะมีอวัยวะสร้างเซลล์สืบพันธุ์ ที่มีลักษณะสีขาวขุ่นหรือสีส้มพาดไปในแนวรัศมีเช่นกัน บริเวณขอบด้านในของร่างกายที่มีลักษณะคล้ายร่ม มีกล้ามเนื้อบาง ๆ เรียงตัวในแนววงแหวนโดยรอบ ซึ่งเป็นลักษณะสำคัญที่ทำให้แมงกะพรุนน้ำจืดอยู่จัดอยู่ชั้นไฮโดรซัว