น.ส.กัญจนา ศิลปอาชา สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี สถิติศาสตร์บัณฑิต (เกียรตินิยมอันดับหนึ่งเหรียญทอง) จากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และปริญญาโท บริหารธุรกิจมหาบัณฑิต จากมหาวิทยาลัยวิสคอนซิน ประเทศสหรัฐอเมริกา

อีกด้านหนึ่ง น.ส.กัญจนา ศิลปอาชา ใช้เวลาในระหว่างถูกตัดสิทธิ์ทางการเมือง (พ.ศ. 2553) เข้ารับการศึกษาหลักสูตรผู้บริหารระดับสูง ของสถาบันวิทยาการตลาดทุน ตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย ในรุ่นที่ 11 และเป็นรุ่นเดียวกันกับนักการเมืองชื่อดังอีกหลายคน อาทินายสรอรรถ กลิ่นประทุม นายประจวบ ไชยสาส์น นางสาวนริศรา ชวาลตันพิพัทธ์ ร้อยตรีหญิงระนองรักษ์ สุวรรณฉวี นายสมพงษ์ อมรวิวัฒน์ นายแพทย์บุรณัชย์ สมุทรักษ์ ฯลฯ[ต้องการอ้างอิง]