ระหว่าง 30 กรกฎาคม – 30 สิงหาคม พ.ศ. 2532 ตัวแทนจาก 18 ประเทศ กลุ่มการเมืองจากกัมพูชา 4 กลุ่ม และเลขาธิการทั่วไปของสหประชาชาติได้ประชุมร่วมกันที่ปารีสเพื่อยุติสงครามกลางเมือง การถอนทหารเวียดนามออกจากกัมพูชา และการให้ชาวกัมพูชาเลือกระบอบการปกครองด้วยตนเอง ต่อมา ในวันที่ 23 ตุลาคม พ.ศ. 2534 ได้มีการลงนามในข้อตกลงปารีส ให้สหประชาชาติเป็นที่ปรึกษาในการสงบศึก ปลดอาวุธและจำกัดการเคลื่อนไหวของกองกำลังติดอาวุธทุกกลุ่ม จัดเตรียมประเทศให้พร้อมสำหรับการเลือกตั้งที่เป็นอิสระและเป็นธรรม พระนโรดม สีหนุในฐานะประธานสภาสูงสุดแห่งชาติกัมพูชาและสมาชิกคนอื่นๆของสภาเดินทางกลับสู่พนมเปญเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2534 เพื่อเริ่มจัดตั้งกระบวนการต่างๆในกัมพูชา ตัวแทนระดับสูงของสหประชาชาติในกัมพูชา (UNAMIC) ได้เข้าไปดำเนินการเพื่อประสานกับกลุ่มต่างๆ และนำตัวผู้อพยพชาวกัมพูชาราว 370,000 คน ในไทยกลับสู่กัมพูชา

ในวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2535 อันแทคภายใต้การนำของยาสุชิ เอกาชิและนายพลจอห์น แซนเดอร์สัน มาถึงกัมพูชา คณะกรรมการผู้ลี้ภัยของสหประชาชาติเริ่มเข้ามาทำงานเต็มตัวในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2535 อันแทคมีทหารและพลเรือนทำงานด้วยราว 22,000 คนในการดำเนินการจัดการเลือกตั้งในกัมพูชา มีชาวกัมพูชาราว 4 ล้านคน (90% ของผู้มีสิทธิ์ออกเสียง) เข้าร่วมในการเลือกตั้งในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2536 แม้ว่าเขมรแดงที่ไม่เคยถูกปลดอาวุธและจำกัดการเคลื่อนไหวจะห้ามประชาชนในเขตของตนไม่ให้ออกมาเลือกตั้ง

พรรคฟุนซินเปกของพระนโรดม รณฤทธิ์ได้คะแนนสูงสุด 45.5% รองลงมาคือพรรคประชาชนกัมพูชาและพรรคประชาธิปไตยเสรีนิยมชาวพุทธ ตามลำดับ หลังการเลือกตั้ง พ.ศ. 2536 สิ้นสุดลง พรรคประชาชนกัมพูชาไม่ยอมรับชัยชนะของพรรคฟุนซินเปกและได้ประกาศแยกจังหวัดทางภาคตะวันออกของกัมพูชาออกไปเป็นดินแดนอิสระ การรัฐประหารหลังการเลือกตั้งเริ่มขึ้นเมื่อเจ้านโรดม จักรพงษ์ พลเอกสิน สอง และพลเอกบู ทองออกไปปลุกระดมประชาชนที่จังหวัดสวายเรียงเมื่อ 13 มิถุนายน พ.ศ. 2536 ไม่ยอมรับผลการเลือกตั้งที่จัดโดยอันแทค และได้ประกาศแยกจังหวัดสวายเรียง กำปงจาม เปรยแวง กระแจะ มณฑลคีรี รัตนคีรีและสตึงเตรงออกไปตั้งเป็นเขตปกครองตนเองของสมเด็จพระบิดา[1] อย่างไรก็ตาม การปฏิวัติครั้งนี้ไม่ได้รับการสนับสนุนจากสมาชิกพรรคประชาชนกัมพูชาคนอื่นๆ เจ้านโรดม จักรพงษ์จึงต้องหนีไปเวียดนามเมื่อ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2536 การแบ่งแยกดินแดนจึงสิ้นสุดลง พระนโรดม จักรพงษ์ได้รับการอภัยโทษจากสีหนุในวันที่ 17 มิถุนายน พ.ศ. 2536[1]

พรรคฟุนซินเปกจัดตั้งรัฐบาลผสมร่วมกับพรรคอื่นๆ พรรคการเมืองที่เข้าร่วมการเลือกตั้งส่งตัวแทนรวมกันทั้งสิ้น 120 คน ในการร่างรัฐธรรมนูญซึ่งประกาศใช้ในวันที่ 24 กันยายน ในรัฐธรรมนูญกำหนดให้ปกครองประเทศในระบอบรัฐสภาแบบมีพระมหากษัตริย์เป็นประมุข พระนโรดม สีหนุขึ้นครองราชย์สมบัติอีกครั้ง พระนโรดม รณฤทธิ์และฮุน เซนเป็นนายกรัฐมนตรีคนที่ 1 และ 2 ตามลำดับ หลังการเลือกตั้ง เขมรแดงเข้ายึดปราสาทพระวิหารจากฝ่ายของฮุนเซนเมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ. 2536 และขอเปิดการเจรจากับฝ่ายของสีหนุ โดยฝ่ายเขมรแดงยื่นข้อเรียกร้องเข้าร่วมในการบริหารแห่งชาติและตำแหน่งที่ปรึกษาของรัฐบาลใหม่แลกกับการคืนปราสาทพระวิหารและมอบดินแดนที่ยึดไว้คืนให้ฝ่ายรัฐบาล[2] สมเด็จสีหนุทรงเห็นด้วยที่จะรับเขมรแดงเข้าร่วมรัฐบาล แต่ฮุน เซนและนโรดม รณฤทธิ์ไม่เห็นด้วย สหรัฐได้เข้ามาแทรกแซงโดยประกาศจะตัดความช่วยเหลือกัมพูชา หากมีเขมรแดงร่วมรัฐบาล การเจรจาเพื่อการปรองดองแห่งชาติตามนโยบายของสมเด็จพระนโรดม สีหนุที่เสนอให้เขมรแดงเข้าร่วมในการบริหารประเทศโดยต้องยอมคืนพื้นที่หนึ่งในสามของประเทศให้แก่รัฐบาลและยุบเลิกกองกำลังทั้งหมด แต่ไม่ประสบความสำเร็จ หลังจากการเจรจาครั้งสุดท้ายเมื่อ 27 – 31 พฤษภาคม พ.ศ. 2537 ที่กรุงเปียงยาง เกาหลีเหนือล้มเหลว ฝ่ายรัฐบาลจึงออกกฎหมายให้เขมรแดงเป็นกลุ่มนอกกฎหมายด้วยคะแนนเสียง 103 ต่อ 0[3]