เมืองแห่งนี้เริ่มก่อตั้งขึ้นราวคริสต์ศตวรรษที่ 15 เพื่อเป็นเมืองท่าริมฝั่งแม่น้ำมันดาวี ในการปกครองของสุลต่านแห่งบิจาปูร์ เพื่อทดแทนเมืองโกวาปุริ (Govapuri) ซึ่งตั้งอยู่ถัดไปทางใต้ไม่กี่กิโลเมตร และเคยเป็นเมืองท่าสำคัญในสมัยกษัตริย์แห่งจักรวรรดิวิชัยนคร นอกจากนี้เมืองกัวนี้ยังทำหน้าที่เป็นเมืองหลวงแห่งที่สองตั้งแต่สมัยของราชวงศ์เอดิลชะฮี (Adil Shahi) ซึ่งในขณะนั้นเมืองนั้นล้อมรอบด้วยคูเมือง และเป็นที่ตั้งของพระราชวังแห่งชาห์ รวมทั้งมัสยิด และโบสถ์ต่าง ๆ ต่อมาในปีค.ศ. 1510 ได้ถูกยึดเป็นอาณานิคมของจักรวรรดิโปรตุเกสในฐานะศูนย์กลางการปกครอง และต่อมาในปีค.ศ. 1759 เมืองหลวงแห่งนี้จึงได้ถูกย้ายไปยังปณชี ซึ่งในขณะนั้นเป็นเพียงหมู่บ้านเล็ก ๆ ซึ่งอยู่ห่างไปราว 9 กิโลเมตรทางทิศตะวันตก

ในช่วงกลางคริสต์ศตวรรษที่ 16 เมืองแห่งนี้ยังเป็นศูนย์กลางการเผยแพร่คริสต์ศาสนาของดินแดนตะวันออก[1] โดยเป็นที่ตั้งของคณะนักบวชคาทอลิกทุกสาขา[2] ประชากรในอดีตนั้นเคยสันนิษฐานว่ามากถึง 2 แสนคนในปีค.ศ. 1543 ซึ่งมาลาเรียและอหิวาตกโรคได้ระบาดทั่วเมืองในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 17 จึงถูกทิ้งร้างลงเหลือประชากรเพียง 1,500 คนในปีค.ศ. 1775 ซึ่งทำให้การปกครองนั้นย้ายไปยังเมืองขนาดเล็กซึ่งตั้งอยู่ใกล้ ๆ คือ ปณชี ในขณะที่เมืองเก่าแห่งนี้ยังมีฐานะเป็นเมืองหลวงอย่างเป็นทางการตั้งแต่นั้นมาจนกระทั่งปีค.ศ. 1843 จึงย้ายมาที่ปณชี โดยเรียกเป็นภาษาโปรตุเกสว่า "นอวาโกอา" (Nova Goa - กัวใหม่) ในขณะที่เมืองหลวงเดิมเรียกว่า "แวลยาโกอา" (Velha Goa - กัวเก่า) เพื่อแยกกันกับเมืองแห่งใหม่อย่างชัดเจน

กัวเก่านั้นได้ถูกผนวกเข้ากับสาธารณรัฐอินเดียในปีค.ศ. 1961 พร้อมกันกับเมืองในปกครองทั้งหมด