การกำจัดกากนิวเคลียร์แบบรูเจาะลึก (อังกฤษ: Deep borehole disposal) เป็นแนวคิดของการกำจัดกากกัมมันตรังสีระดับสูงจากเครื่องปฏิกรณ์นิวเคลียร์ในรูที่เจาะลึกมากยิ่งกว่าพื้นที่เก็บกากนิวเคลียร์ลึกใต้ดิน. การกำจัดแบบนี้จะหาพื้นที่เพื่อวางของเสียที่ลึกมากสุดถึงห้ากิโลเมตรใต้พื้นผิวของโลกและอาศัยหลักเบื้องต้นในความหนาของสิ่งกีดขวางทางธรณีวิทยาธรรมชาติเพื่อแยกของเสียออกจากชีวมณฑลได้อย่างปลอดภัยเป็นระยะเวลานานมากเพื่อที่ว่ามันไม่ควรก่อให้เกิดภัยคุกคามต่อมนุษย์และสิ่งแวดล้อม. แนวคิดนี้ได้รับการพัฒนาขึ้นในปี 1970s แต่เมื่อเร็วๆนี้ ข้อเสนออันหนึ่งสำหรับรูเจาะเพื่อการทดลองครั้งแรกได้รับการเสนอโดยสมาคมที่นำโดยห้องปฏิบัติการแห่งชาติซานเดีย[1].