การขนส่งระบบรางในประเทศมาเลเซีย ประกอบด้วย รถไฟรางหนัก (รวมทั้งรถไฟความเร็วสูง) รถไฟฟ้ารางเบา และรถไฟฟ้าโมโนเรล รถไฟรางหนักมักใช้สำหรับการขนส่งผู้โดยสารและสินค้าระหว่างเมือง ขณะที่รถไฟฟ้ารางเบามักใช้ขนส่งผู้โดยสารในเมืองเท่านั้น มีเส้นทางรถไฟความเร็วสูงเพื่อเชื่อมกับท่าอากาศยานนานาชาติกัวลาลัมเปอร์ ส่วนรถไฟฟ้าโมโนเรล มีในกัวลาลัมเปอร์การขนส่งระบบรางครอบคลุมรัฐส่วนใหญ่ในมาเลเซียตะวันตก ส่วนในมาเลเซียตะวันออก มีเฉพาะรัฐซาบะฮ์ ทางรถไฟในมาเลเซียตะวันตกเชื่อมต่อกับประเทศสิงคโปร์และประเทศไทย