การคัดเลือกพันธุ์ หรือ การคัดเลือกโดยมนุษย์ คือกระบวนการที่มนุษย์ผสมพันธุ์สัตว์และพืชเพื่อให้ได้ลักษณะที่ต้องการ ส่วนใหญ่เป็นสัตว์เลี้ยง และทำโดยผู้เชี่ยวชาญด้านการผสมพันธุ์สัตว์ชาร์ลส์ ดาร์วิน กล่าวไว้ใน Origin of Species ว่าการคัดเลือกพันธุ์สามารถทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงได้จริงเมื่อเวลาผ่านไป เป็นข้อมูลสนับสนุนให้ดาร์วินเสนอทฤษฎีการคัดเลือกโดยธรรมชาติขึ้นมาได้