การจัดระเบียบองค์การแบบเพรสไบทีเรียน (อังกฤษ: Presbyterian polity) คือการจัดระเบียบองค์การคริสตจักรแบบหนึ่ง ที่ปกครองโดยสมัชชาเพรสไบเทอร์หรือผู้ปกครอง คริสตจักรท้องถิ่นแต่ละแห่งจะปกครองโดยกลุ่มผู้ปกครองที่ได้รับเลือกมาที่เรียกว่า “คณะธรรมกิจ” (session) หรือ “consistory” หรือ “church board”[1] กลุ่มคริสตจักรในท้องถิ่นก็จะมีสมัชชาที่สูงกว่าเป็นสภาผู้อาวุโสที่เรียกว่า “เพรสไบเทอรี” (presbytery) หรือ “คลาสสิส” (classis) เพรสไบเทอรีอาจจะรวมกันเป็น “ซิโนด” (synod) หรือสภา ซิโนดทั่วประเทศก็มักจะรวมตัวกันเป็น “สมัชชาใหญ่” (general assembly)การจัดระเบียบองค์การแบบเพรสไบทีเรียนถูกพัฒนาขึ้นเพื่อปฏิเสธวิธีการปกครองที่อาศัยลำดับชั้นบังคับบัญชาโดยมุขนายกองค์เดียว (ซึ่งเรียกว่าการจัดระเบียบองค์การแบบอีปิสโคปัล) แต่ต่างจากการจัดระเบียบองค์การแบบคองกริเกชันนาลิสต์ (Congregationalist polity) ที่แบ่งการปกครองคริสตจักรออกเป็นคองกริเกชันโดยแต่ละคองกริเกชันเป็นอิสระไม่ขึ้นต่อกัน การจัดระเบียบองค์การแบบเพรสไบทีเรียนแตกต่างจากระบบอื่นตรงที่อำนาจการปกครองที่มาจากทั้งเบื้องบนและเบื้องล่าง ระบบการปกครองนี้วิวัฒนาการขึ้นที่เจนีวาภายใต้ฌ็อง กาลแว็ง และนำมาใช้ในสกอตแลนด์โดยจอห์น น็อกซ์หลังจากการไปลี้ภัยอยู่ที่นั่น การจัดระเบียบองค์การแบบเพรสไบทีเรียนถือเป็นระบบที่สัมพันธ์อย่างแนบแน่นกับการปฏิรูปศาสนาในสวิตเซอร์แลนด์และในสกอตแลนด์ และคริสตจักรปฏิรูป และคริสตจักรเพรสไบทีเรียน