การท่าเรือแห่งประเทศไทย มีท่าเรือในสังกัด จำนวน 5 แห่ง คือ

1. ท่าเรือกรุงเทพ หรือท่าเรือคลองเตย ตั้งอยู่ที่ แขวงคลองเตย เขตคลองเตย กรุงเทพมหานคร
2. ท่าเรือแหลมฉบัง เป็นท่าเรือหลักของประเทศแทนท่าเรือกรุงเทพฯ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2539[4] ในปี พ.ศ. 2551 มีปริมาณขนถ่ายสินค้าทั้งสิ้น 4,629,244.70 เมตริกตัน[5] มีปริมาณเรือเทียบท่ากว่า 8,118 ลำ
3. ท่าเรือเชียงแสน อำเภอเชียงแสน จังหวัดเชียงราย เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2546
4. ท่าเรือเชียงของ เป็นท่าเรือริมฝั่งแม่น้ำโขง ขนาดกว้าง 24 เมตร ยาว 180 เมตร ตั้งอยู่ในเขตพื้นที่อำเภอเชียงของ จังหวัดเชียงราย ตรงข้ามกับแขวงบ่อแก้ว ประเทศลาว เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2546
5. ท่าเรือระนอง เป็นท่าเรือริมฝั่งตะวันออกของปากแม่น้ำกระบุรี ตำบลปากน้ำ อำเภอเมืองระนอง จังหวัดระนอง มีเนื้อที่ 315 ไร่ เปิดให้บริการในปี พ.ศ. 2549