การผ่าท้องทำคลอดควรทำต่อเมื่อการคลอดทางช่องคลอดอาจทำให้ทารกหรือมารดามีความเสี่ยง มิใช่ว่าภาวะที่ระบุไว้ด้านล่างทั้งหมดที่เป็นข้อบ่งชี้บังคับ และในหลายกรณีที่สูติแพทย์จะต้องตัดสินให้มารดาได้ผ่าท้องทำคลอดเป็นรายๆ ไป ข้อบ่งชี้ของการผ่าท้องทำคลอด เช่น

ภาวะแทรกซ้อนของการเจ็บครรภ์และปัจจัยที่ขัดขวางการคลอดทางช่องคลอด เช่น

• การคลอดที่ใช้เวลานาน หรือการคลอดไม่ดำเนินต่อไป (การคลอดลำบาก)
• ทารกอยู่ในภาวะคับขัน (fetal distress)
• สายสะดือย้อย (cord prolapse)
• มดลูกแตก (uterine rupture)
• รกผิดปกติ เช่น รกเกาะต่ำ รกลอกก่อนกำหนด หรือรกงอกติด
• ส่วนนำของทารกผิดปกติ เช่น ท่าก้น ท่าขวาง
• การชักนำการคลอดล้มเหลว
• การใช้อุปกรณ์ช่วยคลอด เช่น ใช้คีมหรือเครื่องดูดสุญญากาศล้มเหลว ในบางครั้งอาจมีการลองคลอดโดยใช้คีม/เครื่องสุญญากาศ และหากไม่สำเร็จจะเปลี่ยนไปผ่าท้องทำคลอดแทน
• ทารกตัวโต (macrosomia)
• ปัญหาของสายสะดือ เช่น หลอดเลือดสายสะดือห้อยต่ำ (vasa previa), รกหลายกลีบ (multi-lobate), รกหางว่าว (velamentous insertion)

ภาวะแทรกซ้อนอื่นๆ ของการตั้งครรภ์ ภาวะที่เกิดก่อนหรือเกิดร่วมกับการตั้งครรภ์ เช่น

• โรคพิษแห่งครรภ์ระยะก่อนชัก (pre-eclampsia)
• ความดันโลหิตสูง[6]
• แฝด
• เคยคลอดทารกที่มีความเสี่ยงสูง
• มารดาติดเชื้อเอชไอวี
• โรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์เช่น เริมที่อวัยวะเพศ ซึ่งอาจติดต่อไปยังทารกได้หากคลอดทางช่องคลอด แต่สามารถรักษาได้ด้วยยาและไม่จำเป็นต้องผ่าท้องทำคลอด
• ประวัติเคยผ่าท้องทำคลอด (อาจมีข้อโต้แย้งได้ เช่นการคลอดทางช่องคลอดในมารดาที่เคยคลอดบุตรโดยการผ่าท้องมาก่อน (Vaginal birth after caesarean; VBAC))
• ปัญหาเดิมของการหายของแผลฝีเย็บ (จากการคลอดครั้งก่อนหรือเป็นโรคโครห์น (Crohn's Disease))