การผ่าศพทางพยาธิวิทยา จะมุ่งเน้นไปทางด้านการเจ็บป่วยของผู้ป่วยเพื่อวินิจฉัยว่าป่วยเป็นโรคใด สาเหตุของการตายคืออะไร กลไกในการตายเป็นอย่างไร ซึ่งการที่จะให้บรรลุวัตถุประสงค์ต่าง ๆ ที่กล่าวมาเหล่านี้นั้น แพทย์ผู้ทำการรักษาผู้ป่วยจะต้องให้ความร่วมมือในการส่งรายละเอียดเกี่ยวกับประวัติการรักษาพยาบาลของผู้ตายเช่น อาการป่วยของโรค การดำเนินการในการรักษาโรค การรักษาพยาบาล ผลของการตรวจรักษาทางห้องปฏิบัติการ รวมถึงอาการของผู้ตายที่เปลี่ยนแปลงไประหว่างการรักษา ตลอดจนรายละเอียดต่าง ๆ เกี่ยวกับการบริหารยาให้ผู้ป่วย ซึ่งพยาธิแพทย์จะได้นำมาประมวลร่วมกับผลการตรวจพบทั้งจากภายในและภายนอกร่างกาย รวมทั้งผลการตรวจชิ้นเนื้อทางกล้องจุลทรรศน์ เพื่อสรุปว่าผู้ป่วยตายเพราะเหตุใด

การวินิฉัยหรือการรักษาพยาบาลที่ให้แก่ผู้ป่วย แพทย์ผู้ทำการรักษาจะต้องวินิจฉัยและวิเคราะห์ถึงสาเหตุของการเจ็บป่วยด้วยความเหมาะสม เพื่อเป็นแนวทางในการรักษาพยาบาลผู้ป่วยรายอื่น ๆ ที่ได้รับการวินิจฉัยแบบเดียวกันหรือมีอาการคล้าย ๆ กัน เพื่อให้การรักษาพยาบาลแก่ผู้ป่วยมีประสิทธิภาพดีขึ้น อีกทั้งเป็นการพัฒนาความรู้ทางการแพทย์อีกด้วย การตรวจสอบชิ้นเนื้อทางกล้องจุลทรรศน์ นอกจากจะมีประโยชน์ในด้านการวินิจฉัยในการรักษาพยาบาลผู้ป่วยแล้ว ยังมีประโยชน์ในด้านที่สามารถใช้เป็นสิ่งยืนยันพยาธิสภาพที่ตรวจพบได้อย่างถาวร

สำหรับการผ่าศพทางนิติพยาธินั้น จะมุ่งเน้นเกี่ยวกับพยาธิสภาพของบาดแผล เพราะสาเหตุการตายเป็นหน้าที่ของนิติพยาธิแพทย์ ซึ่งสาเหตุของการตายมักเป็นการตายอย่างกะทันหันเช่น ผู้ตายถูกรุมทำร้ายจนถึงแก่ความตาย การเกิดอุบัติเหตุ การฆ่าตัวตายหรือการตายโดยไม่ทราบเหตุ เพราะฉะนั้นประวัติทางด้านการรักษาพยาบาลของผู้ป่วยอาจจะมีน้อยจนถึงน้อยมาก แต่ในบางรายผู้ตายไม่ได้ตายทันทีหลังเกิดเหตุ อาจจะได้รับการรักษาพยาบาลมาช่วงเวลาหนึ่ง ซึ่งในกรณีอย่างนี้แพทย์ผู้รักษาต้องให้ความร่วมมือในการส่งรายละเอียด การรักษาพยาบาล การดำเนินโรค การเปลี่ยนแปลงของอาการตลอดจนผลการตรวจต่าง ๆ ทางห้องปฏิบัติการ เหมือนกับการส่งให้พยาธิแพทย์เช่นกัน และถือเป็นหน้าที่ที่จะต้องปฏิบัติตามกฎหมายด้วย พนักงานสอบสวนและผู้ชันสูตรพลิกศพสามารถส่งหมายเรียกให้แพทย์ผู้รักษามาให้ปากคำได้ถ้าไม่ให้ความร่วมมือในการคลี่คลายคดี