ระบบเอ็มเอฟเอบางอย่างบังคับให้ผู้ใช้ต้องมีซอฟต์แวร์รับบริการเพื่อให้ใช้การได้บางระบบมีซอฟต์แวร์ติดตั้งต่างๆ กันสำหรับการลงชื่อเข้าใช้เครือข่าย เข้าใช้เว็บ และใช้เครือข่ายส่วนตัวเสมือนสำหรับผลิตภัณฑ์เช่นนี้ จึงอาจต้องติดตั้งซอฟต์แวร์ถึง 4-5 ระบบบนคอมพิวเตอร์แบบตั้งโต๊ะ เพื่อให้ใช้โทเค็นความปลอดภัยหรือสมาร์ตการ์ดได้จึงเป็นซอฟต์แวร์ 4-5 อย่างที่ต้องติดตามรุ่นต่างๆ และที่ต้องเช็คดูว่ามีปัญหากับซอฟต์แวร์ที่จำเป็นอื่นๆ ด้วยหรือเปล่าแต่ถ้าการเข้าถึงสิ่งที่ต้องการทำได้โดยผ่านหน้าเว็บเท่านั้น ก็อาจต้องมีแอปที่ว่าอย่างเดียวเท่านั้นหรือถ้าใช้เทคโนโลยีพิสูจน์ตัวอื่นๆ เช่น โทเค็นฮาร์ดแวร์ ผู้ใช้ก็อาจไม่ต้องติดตั้งซอฟต์แวร์ใดๆ เลย

มีข้อเสียในระบบเอ็มเอฟเอหลายอย่างที่ทำให้ไม่มีการติดตั้งแล้วใช้อย่างแพร่หลายผู้ใช้บางส่วนอาจมีปัญหาการเก็บโทเค็นฮาร์ดแวร์หรืออุปกรณ์ยูเอสบีบางส่วนอาจไม่สามารถติดตั้งระบบบริการด้วยตนเองโดยทั่วไปแล้ว จะต้องลงทุนเพื่อทำให้เกิดผล และมีค่าใช้จ่ายเพื่อทะนุบำรุงระบบที่ใช้โทเค็นฮาร์ดแวร์โดยมากเป็นกรรมสิทธิ์ของบริษัทผู้ผลิต ซึ่งอาจคิดค่าธรรมเนียมต่อผู้ใช้ทุกปีการกระจายให้ใช้โทเค็นฮาร์ดแวร์ยังลำบากทางโลจิสติกส์อีกด้วยเพราะโทเค็นฮาร์ดแวร์อาจเสียหาย โดยการแจกจ่ายโทเค็นในอุตสาหกรรมใหญ่ๆ เช่น ธนาคาร หรือบริษัทใหญ่ๆ ก็จะต้องบริหารอย่างเข้มงวดนอกจากค่าใช้จ่ายเพื่อกระจายให้ใช้ ยังมีค่าใช้จ่ายเพื่อช่วยเหลือผู้ใช้อีกด้วย

งานวิจัยเกี่ยวกับการนำเทคโนโลยีนี้ไปใช้[40]พบว่า องค์กรประเภทต่างๆ ยอมรับเทคโนโลยีเอ็มเอฟเอต่างๆ ได้ไม่เหมือนกันตัวอย่างเช่น รัฐบาลกลางสหรัฐมักใช้ระบบโทเค็นฮาร์ดแวร์ที่ซับซ้อนซึ่งก็เป็นระบบรับรองด้วยการเข้ารหัสแบบกุญแจอสมมาตร และเช่นธนาคารซึ่งมักนิยมระบบเอ็มเอฟเอที่ใช้ง่ายกว่าและมีค่าใช้จ่ายน้อยกว่า เช่น ใช้แอปที่ติดตั้งในสมาร์ทโฟนของลูกค้าเองแต่ถึงจะต่างกันอย่างนี้ เมื่อติดตั้งและใช้ระบบแล้ว ก็จะกลายเป็นปกติ โดยผู้ใช้เองก็จะรู้สึกคุ้นกับระบบแล้วยอมรับมันได้ว่าเป็นเรื่องธรรมดาเพื่อให้ลงชื่อเข้าใช้บัญชีที่จำเป็นได้

แม้จะดูเหมือนว่า ระบบเอ็มเอฟเอจะให้ความปลอดภัยได้อย่างบริบูรณ์[41]นักวิจารณ์ก็ยังระบุว่า ถ้าไม่ทำให้เกิดผลหรือติดตั้งอย่างบริบูรณ์ ก็ยังสามารถถูกแฮ็กได้