การก่อสร้างสายรถไฟบอร์เนียวเหนือ (ชื่อเดิม) เริ่มต้นในปี ค.ศ. 1896 ภายใต้การควบคุมของวิศวกร อาเธอร์ เจ เวสต์ และชนพื้นเมือง มูรุต ส่วนคนงานก่อสร้างส่วนใหญ่นั้น เป็นชาวญี่ปุ่น จุดประสงค์หลักของการก่อสร้างทางรถไฟสายนี้ เพื่อช่วยอำนวยความสะดวกในการขนส่งยาสูบ ระยะทางช่วงแรกยาว 32 กิโลเมตร สร้างจากริมแม่น้ำบูเกา ไปสิ้นสุดที่ท่าเรือเวสตัน ต่อมาได้ขยายระยะทางเพิ่มอีก 48 กิโลเมตรในปี ค.ศ. 1903 ไปยังเมืองเตอนอม ซึ่งได้เปิดใช้งานในปี ค.ศ. 1905 และได้ขยายเส้นทางอีก 16 กิโลเมตร ไปยังเมืองเมอลาแลป ในปี ค.ศ. 1906 ต่อมาวิศวกรหลักได้ย้ายไปทำงานที่ประเทศออสเตรเลีย ทำให้การก่อสร้างหยุดชะงัก

การก่อสร้างได้กลับมาเริ่มใหม่อีกครั้ง โดยเริ่มสร้างจากบิวฟอร์ต ไปยังเจตเซลตัน (ต่อมาเปลี่ยนชื่อเมืองเป็น โกตากีนาบาลู) โดยสร้างเลียบชายฝั่ง เมื่อก่อสร้างเสร็จ ทำให้มีระยะทางเพิ่มขึ้นเป็น 193 กิโลเมตร อย่างไรก็ตาม เส้นทางส่วนใหญ่ได้ถูกทำลายในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง ต่อมาในปี ค.ศ. 1945 บริษัทใหญ่ของออสเตรเลีย ได้เข้ามาดำเนินกิจการรถไฟสายนี้[1]

ในปี ค.ศ. 1949 และ ค.ศ. 1960 ได้มีการปรับปรุงทางรถไฟครั้งใหญ่ ต่อมาในปี ค.ศ. 1963 ได้ปิดทำการสายย่อยเวสตัน และในปี ค.ศ. 1970 เส้นทางช่วงเมอลาแลป-เตอนอม ก็ได้ปิดทำการอีก และสุดท้าย เส้นทางช่วงโกตากีนาบาลู-ตันจงอะรู ก็ได้ปิดทำการในปี ค.ศ 1974 ทำให้ระยะทางเหลือเพียงแค่ 134 กิโลเมตร

เส้นทางได้ปิดทำการชั่วคราวอีกครั้งในปี ค.ศ. 2007 เพื่อการปรับปรุงเส้นทาง ส่วนเส้นทางช่วงตันจงอะรู-เตอนอม ได้กลับมาเปิดทำการใหม่อีกครั้ง 21 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2011 ในปัจจุบัน ทางรถไฟฟ้าสายนี้ ใช้เวลาในการเดินทาง 2 ชั่วโมง 15 นาที ความเร็วสูงสุด 80 กิโลเมตรต่อชั่วโมง