วันที่ 29 พฤศจิกายน ประธานาธิบดีจอห์นสัน ได้แต่งตั้งคณะกรรมการชุดหนึ่งขึ้นมาโดยมีผู้พิพากษานามว่า เอิร์ล วาร์เรน เป็นประธาน คนทั่วไปมักเรียกว่า คณะกรรมาธิการวาร์เรน ทำการสืบสวนเรื่องนี้อย่างละเอียด โดยสืบสวนจากหลักฐานและพยานในที่เกิดเหตุ โดยใช้เวลาสืบสวนนาน 10 เดือน ได้รายงานยาวกว่า 900 หน้า และมีเอกสารประกอบรายงานรวบรวมเป็นเล่มไว้ถึง 26 เล่ม ได้สรุปว่า การลอบสังหารประธานาธิบดีในครั้งนี้ก่อการขึ้นโดยคนๆเดียวคือนายลี ฮาร์วีย์ ออสวอลด์ โดยใช้ปืนการ์กาโนที่ผลิตจากประเทศอิตาลี รุ่น M91/38 เป็นปืนไรเฟิลแบบลูกเลื่อน ที่ใช้กระสุนขนาด 6.5 × 52 มม. ที่ถูกพบบนชั้นที่ 6 ของตึกเก็บหนังสือของเท็กซัส อันเป็นสถานที่ที่ใช้ในการลอบสังหารด้วยการเล็งปืนไรเฟิลไปยังประธานาธิบดีที่กำลังเดินทางด้วยรถลิมูซีนแบบเปิดประทุนและกำลังโบกมือให้กับฝูงชนที่มาต้อนรับ โดยมีการยิงด้วยปืนไรเฟิ้ลเพียงสามนัดเพราะพบปลอกกระสุนจำนวนเท่านั้นอยู่ที่ชั้นหกของตัวอาคาร มีเพียงนัดเดียวที่พลาดเป้า กระสุนที่เข้าไปที่คอของเคนนาดี้เป็นกระสุนนัดเดียวกันที่โดนตรงหลังของผู้ว่าการรัฐแท็กซัส[12] แต่ไม่มีการกล่าวถึงแรงจูงใจในการสังหารแต่อย่างใด