ปัญหาของการสนทนากลุ่มประกอบด้วยสองส่วนหลักคือการอคติของกลุ่ม[4] และการโอนเอียงของผู้ดำเนินรายการที่มีการชี้นำตามเป้าของการวิจัย ซึ่งแตกต่างจากการเก็บข้อมูลการทำวิจัยเชิงคุณภาพประเภทอื่นที่ผู้มีส่วนร่วมไม่มีปฏิสัมพันธ์ต่อกันและกัน

ปัญหาที่มักจะเกิดในระหว่างการสนทนาคือการไม่มีส่วนร่วม หรือไม่กล้ามีส่วนร่วมที่เกิดจากการจัดกลุ่มสนทนาไม่ดี อาทิ จับกลุ่มหัวหน้ากับลูกน้องมาร่วมแสดงความเห็นกันและกัน

ตัวอย่างการสนทนากลุ่มที่ล้มเหลวที่เห็นได้ชัดคือ New Coke ในปี พ.ศ. 2523 ที่เป็นการชี้นำคำถามเพื่อให้ได้มาถึงผลลัพธ์ที่ต้องการจากเหตุผลด้านใดด้านหนึ่ง[5]