การสวนทวารด้วยกาแฟอาจทำให้เสียชีวิตได้จากผลข้างเคียงหลายอย่าง เช่น การติดเชื้อ ความไม่สมดุลของเกลือแร่ ลำไส้ใหญ่อักเสบ ติดเชื้อในกระแสเลือด และหัวใจวาย[4][6][7][8][9][10] ถ้าใส่กาแฟที่ร้อนเกินไปหรือเร็วเกินไป อาจทำให้ลำไส้ไหม้[11] หรือทะลุได้[12]

มีรายงานจำนวนมากเกี่ยวกับการเสียชีวิตจากการสวนทวารด้วยกาแฟ สาเหตุการเสียชีวิตมาจากภาวะเกลือแร่ไม่สมดุลเช่นโซเดียมต่ำ ภาวะขาดน้ำ มีน้ำรั่วในช่องเยื่อหุ้มปอดและช่องเยื่อหุ้มหัวใจ[8][13] ปัจจุบันองค์การอาหารและยาของสหรัฐอเมริกากำหนดว่างานวิจัยใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับการสวนทวารด้วยกาแฟ อาสาสมัครจะต้องได้รับการแจ้งเสมอว่าการสวนทวารด้วยกาแฟนี้มีความเสี่ยงถึงเสียชีวิต[14][15]