มีการพบยีนเกี่ยวกับการเกิดสปีชีส์น้อยมากซึ่งมักจะเกี่ยวข้องกับกระบวนการเสริมแรงในระยะหลัง ๆ ของการเกิดสปีชีส์ในปี 2008 มีการรายงานยีนการเกิดสปีชีส์ที่เป็นเหตุของการแยกเอกเทศทางการสืบพันธุ์[52]คือทำให้ลูกผสมกับสปีชีส์ที่เกี่ยวข้องกันเป็นหมันลำดับการเกิดสปีชีส์ของกลุ่ม 3 กลุ่มที่มาจากบรรพบุรุษเดียวกันอาจไม่ชัดเจนหรือไม่สามารถรู้ได้กลุ่มสปีชีส์สามอย่างเช่นนี้จะเรียกว่า trichotomy

การเกิดสปีชีส์ผ่าน polyploidization

Polyploidy คือการมีโครโมโซมมากกว่าคู่ เป็นกลไกที่ทำให้เกิดสปีชีส์อย่างรวดเร็วแม้อยู่ร่วมกัน เพราะลูกของสิ่งมีชีวิตเช่นนี้ เช่นที่เกิดจากการผสมพันธุ์ระหว่าง tetraploid และ diploid บ่อยครั้งมีผลเป็นลูกแบบ triploid ที่เป็นหมัน[53]อย่างไรก็ดี polyploid ทั้งหมดก็ไม่ได้แยกเอกเทศทางเพศจากพืชที่เป็นพ่อแม่ และ gene flow ก็ยังอาจเกิดขึ้น เช่น ผ่านการผสมพันธุ์ระหว่าง triploid hybrid และ diploid ที่ให้ลูกแบบ tetraploid, หรือการผสมพันธุ์ระหว่างเซลล์สืบพันธุ์แบบ meiotically unreduced จาก diploid กับเซลล์สืบพันธุ์จาก tetraploid (ดูหัวข้อ "การเกิดสปีชีส์โดยลูกผสม" ด้วย)

มีการเสนอว่า พืชจำนวนมากและสัตว์โดยมากเคยเกิด polyploid ขึ้นในประวัติวิวัฒนาการของตน ๆ[54][55]การสืบพันธุ์ของสปีชีส์แบบ polyploid ที่อยู่รอดได้มักจะเป็นแบบไม่อาศัยเพศ ผ่าน parthenogenesis หรือ apomixis และแม้จะยังไม่ทราบเหตุผล สิ่งมีชีวิตที่ไม่สืบพันธุ์ทางเพศก็มักจะเป็น polyploidมีสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมน้อยกรณีที่เป็น polyploid แต่โดยมากก็จะตายก่อนเกิด

การเกิดสปีชีส์โดยลูกผสม

ลูกผสมระหว่างสองสปีชีส์บางครั้งมีฟีโนไทป์พิเศษซึ่งอาจมีความเหมาะสมดีกว่าพ่อแม่ และดังนั้น การคัดเลือกโดยธรรมชาติก็อาจคัดเลือกสิ่งมีชีวิตเช่นนั้นถ้าเกิดการแยกเอกเทศทางการสืบพันธุ์ ก็อาจทำให้เกิดสปีชีส์ใหม่แต่การแยกเอกเทศทางการสืบพันธุ์ระหว่างลูกผสมกับสปีชีส์พ่อแม่ก็เป็นเรื่องยากมาก และดังนั้น จึงพิจารณาว่าเกิดน้อยมากโดยมีเป็ดแมลลาร์ดที่เชื่อว่ามาจากการเกิดสปีชีส์โดยลูกผสม

การเกิดลูกผสมเป็นวิธีการเกิดสปีชีส์ที่สำคัญในพืช เพราะ polyploid เกิดในพืชมากกว่าในสัตว์[56][57]polyploidy สำคัญในลูกผสมก็เพราะทำให้ผสมพันธุ์ได้ คือเพราะมีโครโมโซมสองเซต แต่ละเซตจึงสามารถจับคู่กับโครโมโซมที่เหมือนกันในช่วงไมโอซิส[55]สิ่งมีชีวิตแบบ Polyploid ยังมีความหลากหลายทางพันธุกรรมมากกว่า ซึ่งช่วยให้หลีกเลี่ยงเหตุการณ์ inbreeding depression คือความเหมาะสมที่ลดลงเนื่องจากผสมพันธุ์ในสายพันธุ์ภายในกลุ่มประชากรเล็ก ๆ[58]

การเกิดลูกผสมโดยไม่เปลี่ยนจำนวนโครโมโซมเรียกว่า homoploid hybrid speciationซึ่งพิจารณาว่ามีน้อยมาก แต่ก็พบในผีเสื้อสกุล Heliconius[59]และในต้นทานตะวันการเกิดสปีชีส์ที่เปลี่ยนจำนวนโครโมโซมคือ polyploid speciation เป็นปรากฏการณ์ที่สามัญกว่า โดยเฉพาะในพืช

การย้ายตำแหน่งของยีน (Gene transposition)

นักพันธุศาสตร์ชาวยูเครน-อเมริกัน Theodosius Dobzhansky ผู้ศึกษาแมลงวันทองในยุคต้น ๆ ของงานวิจัยเกี่ยวกับยีนในคริสต์ทศวรรษ 1930 คาดว่า ส่วนของโครโมโซมที่เปลี่ยนตำแหน่งไปยังอีกที่หนึ่ง อาจทำให้สิ่งมีชีวิตแยกออกเป็นสองสปีชีส์เขาได้แสดงรายละเอียดว่า ส่วนของโครโมโซมจะเปลี่ยนที่ไปได้อย่างไรภายในจีโนมแต่ส่วนที่เคลื่อนไปได้เช่นนี้ ก็สามารถทำให้ลูกผสมระหว่างสายพันธุ์เป็นหมัน ซึ่งสร้างแรงกดดันเพื่อเกิดสปีชีส์ใหม่โดยทฤษฎีแล้ว แนวคิดของเขาดี แต่นักวิทยาศาสตร์ก็ได้ถกเถียงกันนานว่า เป็นสิ่งที่เกิดขึ้นจริง ๆ ในธรรมชาติหรือเปล่าในที่สุด ทฤษฎีที่แข่งขันกันซึ่งระบุการค่อย ๆ สะสมการกลายพันธุ์ ก็มีหลักฐานว่าเกิดขึ้นบ่อยจนกระทั่งว่า นักพันธุศาสตร์โดยมากได้ทอดทิ้งสมมติฐานยีนที่เคลื่อนได้[60]

แต่งานปี 2006 ก็ได้แสดงว่า ยีนที่กระโดดจากตำแหน่งหนึ่งไปยังอีกที่หนึ่งอาจมีส่วนร่วมในการเกิดสปีชีส์ใหม่[61]และยืนยันพิสูจน์กลไกการแยกเอกเทศทางการสืบพันธุ์ ซึ่งเป็นองค์ประกอบกุญแจสำคัญในการเกิดสปีชีส์[62]