แกสตรูเลชัน (gastrulation) เป็นขั้นตอนสำคัญที่ทำให้เกิดการกำหนดเนื้อเยื่อสามชั้นในขั้นตอนต่อมา กลไกการเกิดแกสตรูเลชันต่างกันไปในแต่ละสปีชีส์ ซึ่งมีขั้นตอนโดยทั่วไปเริ่มจาก บลาสตูลามีการแบ่งเป็นสองส่วนไม่เท่ากัน ด้านที่มีขนาดเล็กเรียกอะนิมอล โพล (animal pole) ด้านที่มีขนาดใหญ่เรียก เวเกตอล โพล (vegetal pole) เซลล์บริเวณที่จะพัฒนาไปเป็นเอ็นโดเดิร์ม (endoderm อยู่ด้านล่าง) เจริญยืดยาวเข้าไปในส่วนที่เป็นช่องว่างภายใน ส่วนเซลล์ที่จะไปเป็นเอกโตเดิร์ม (ectoderm อยู่ด้านบน) จะขยายตัวออกคลุมส่วนที่เป็นเอ็นโดเดิร์ม ส่วนเซลล์ที่จะไปเป็นมีโซเดิร์ม (mesoderm อยู่ระหว่างเซลล์ 2 ชั้นทั้งซ้ายขวา) จะขยายตัวออกแทรกไประหว่างเซลล์ทั้งสองชั้น สุดท้ายจะได้บลาสโตพอร์ที่เป็นช่องเข้าสู่ช่องว่างภายในชั้นเอนโดเดิร์ม ส่วนที่เป็นเอ็นโดเดิร์มเจริญยืดยาวและม้วนตัวเป็นช่อง ซึ่งจะเป็นช่องว่างของระบบย่อยอาหารต่อไปเรียกอาร์เคนเทอรอน (archenteron) ส่วนที่เป็นเอกโตเดิร์มแบ่งตัวคลุมส่วนที่เป็นเอ็นโดเดิร์มจนมิด ส่วนที่จะเป็นเอ็นโดเดิร์มนั้นเจริญแทรกไประหว่างส่วนทั้งสอง เมื่อแกสตรูเลชั่นเสร็จสิ้นลง เนื้อเยื่อเอ็มบริโอจะเห็นเป็นสามช่องอย่างชัดเจน คือเอกโตเดิร์มอยู่นอกสุด มีโซเดิร์มอยู่ตรงกลาง และเอ็นโดเดิร์มอยู่ด้านใน