ดูเพิ่มเติม: ประเด็นเกี่ยวกับการเพาะเลี้ยงปลาแซลมอนการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำสามารถสร้างความเสียหายต่อสิ่งแวดล้อมได้มากกว่าการใช้ประโยชน์จากการประมงในธรรมชาติบนพื้นฐานของพื้นที่ท้องถิ่น แต่มีผลกระทบกับสภาพแวดล้อมของโลกน้อยกว่ามากต่อกิโลกรัมบนพื้นฐานการผลิต[52] ความกังวลในท้องถิ่น ได้แก่ การจัดการของเสีย ผลข้างเคียงของยาปฏิชีวนะ การแข่งขันระหว่างสัตว์เลี้ยงและสัตว์จากธรรมชาติ และการใช้ปลาอื่นๆเพื่อเป็นอาหารของปลากินเนื้อที่ตลาดต้องการมากกว่า อย่างไรก็ตาม การวิจัยและการพัฒนาอาหารสัตว์เชิงพาณิชย์ในช่วงปี 1990s และ 2000s ได้ลดความกังวลเหล่านี้ลงไปมาก[53]

การเพาะเลี้ยงในน้ำอาจนำไปสู่การขยายพันธุ์ของสายพันธ์ต่างด้าว (อังกฤษ: invasive species) เช่นในกรณีของปลากะพงแม่น้ำไนล์และปลาภารโรง ปัญหานี้อาจสร้างความเสียหายให้สัตว์พื้นเมือง

ของเสียจากปลาเป็นสารอินทรีย์และประกอบด้วยสารอาหารที่จำเป็นในทุกองค์ประกอบของอาหารสำหรับสัตว์น้ำ ในมหาสมุทร การเพาะเลี้ยงในน้ำมักจะผลิตของเสียที่มีความเข้มข้นสูงกว่าของเสียจากปลาตามปกติมาก[ต้องการอ้างอิง] ของเสียจะสะสมที่ท้องมหาสมุทร ทำให้เกิดความเสียหายหรือกำจัดสิ่งมีชีวิตที่อาศัยอยู่ด้านล่าง ของเสียยังสามารถลดระดับออกซิเจนที่ละลายในน้ำ เพิ่มแรงกดดันให้กับสัตว์ที่อยู่ตามธรรมชาติ[54]

น้ำมันปลา

ข้อมูลเพิ่มเติม: ปลานิล§โภชนาการ

ปลานิลจากการเพาะเลี้ยงในน้ำได้แสดงว่ามีไขมันมากขึ้นและอัตราส่วนที่สูงมากของน้ำมันโอเมก้า 6 โอเมก้า 3

ผลกระทบต่อปลาที่อยู่ตามธรรมชาติ

การเลี้ยงปลาแซลมอนในขณะนี้กำลังนำไปสู่ความต้องการที่สูงสำหรับปลาอาหารสัตว์ที่อยู่ตามธรรมชาติ ปลาไม่ได้ผลิตกรดไขมันโอเมก้า 3 จริงๆ แต่มันจะสะสมกรดไขมันจากการกินสาหร่ายที่ผลิตกรดไขมันเหล่านี้ อย่างปลาอาหารสัตว์เช่นปลาเฮอริ่งและปลาซาร์ดีน หรือการสะสมกรดจากการกินปลาเหยื่อที่ได้สะสมกรดไขมันโอเมก้า 3 จากจุลสาหร่าย อย่างปลาที่กินสัตว์ที่มีไขมันเช่นปลาแซลมอน เพื่อตอบสนองความต้องการนี้ มากกว่าร้อยละ 50 ของการผลิตน้ำมันปลาของโลกถูกส่งให้เป็นอาหารปลาแซลมอนในฟาร์ม[55]

นอกจากนี้ เนื่องจากมันเป็นสัตว์กินเนื้อ ปลาแซลมอนต้องการสารอาหารที่เป็นโปรตีนขนาดใหญ่ โปรตีนจึงมักจะถูกป้อนให้มันในรูปแบบของปลาอาหารสัตว์ ผลลัพธ์ก็คิอปลาแซลมอนเลี้ยงจะกินปลาธรรมชาติมากกว่าที่พวกมันสามารถถูกสร้างเป็นผลิตภัณฑ์ขั้นสุดท้าย ในการผลิตหนึ่งปอนด์ของปลาแซลมอน, ผลิตภัณฑ์จากหลายปอนด์ของปลาธรรมชาติถูกป้อนให้เป็นอาหารกับพวกมัน ในขณะที่อุตสาหกรรมการเลี้ยงปลาแซลมอนขยายออกไป มันก็ต้องการอาหารจากปลาธรรมชาติมากยิ่งขึ้น ในขณะที่ร้อยละเจ็ดสิบห้าของการประมงโลกที่มีการตรวจสอบอยู่ใกล้กับอัตราผลตอบแทนที่ยั่งยืนสูงสุดของพวกมันหรือได้เกินค่านั้นไปเรียบร้อยแล้ว[9] การสกัดปลาอาหารสัตว์ที่อยู่ตามธรรมชาติสำหรับการเลี้ยงปลาแซลมอนในระดับอุตสาหกรรมจึงส่งผลกระทบต่อความอยู่รอดของปลานักล่าในธรรมชาติที่อาศัยพวกมันเป็นอาหาร

ปลาสามารถหนีออกมาจากฟาร์มเลี้ยงชายฝั่งที่พวกมันสามารถผสมพันธุ์กับคู่ของพวกมันมี่อยู่ตามธรรมชาติ ทำให้พันธุกรรมในธรรมชาติเจือจาง[56] ปลาที่หลุดออกไปจะกลายเป็นพวกต่างด้าว (อังกฤษ: invasive) ออกมาแข่งขันกับพันธุ์พื้นเมือง[57][58]

ระบบนิเวศชายฝั่ง

การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำได้กลายเป็นภัยคุกคามที่สำคัญต่อระบบนิเวศชายฝั่งทะเล ประมาณร้อยละ 20 ของป่าโกงกางได้ถูกทำลายไปตั้งแต่ปี 1980 ส่วนหนึ่งเนื่องมาจากการเพาะเลี้ยงกุ้ง[59] การวิเคราะห์ค่าใช้จ่ายส่วนขยายเมื่อเทียบกับผลประโยชน์ของมูลค่าทางเศรษฐกิจรวมของการเพาะเลี้ยงกุ้งที่สร้างขึ้นบนระบบนิเวศป่าชายเลนพบว่าค่าใช้จ่ายภายนอกได้สูงกว่าผลประโยชน์ภายนอกอย่างมาก[60] ในช่วงสี่ทศวรรษที่ผ่านมา ป่าชายเลนอินโดนีเซียประมาณ 269,000 เฮกตาร์ (660,000 ไร่) ถูกแปลงให้เป็นฟาร์มกุ้ง ส่วนใหญ่ของฟาร์มเหล่านี้ถูกทิ้งร้างภายในทศวรรษเดียวเพราะสารพิษที่ถูกสร้างขึ้นและการสูญเสียสารอาหาร[61][62]

ฟาร์มปลาแซลมอนโดยทั่วไปถูกจัดตั้งอยู่ในระบบนิเวศชายฝั่งที่เก่าแก่ซึ่งพวกมันจะสร้างมลพิษในเวลาต่อมา ฟาร์มปลาแซลมอนขนาด 200,000 ตัวจะปล่อยของเสียที่เป็นอุจจาระมากกว่าเมืองที่มีประชากร 60,000 คน ของเสียนี้ถูกปล่อยออกมาโดยตรงเข้าสู่สภาพแวดล้อมทางน้ำโดยรอบ ไม่ได้รับการบำบัดก่อน และมักจะปนเปื้อนยาปฏิชีวนะและสารกำจัดศัตรูพืช[9] นอกจากนี้ยังมีการสะสมของโลหะหนักบนหน้าดิน (ก้นทะเล) ใกล้กับฟาร์มปลาแซลมอน โดยเฉพาะทองแดงและสังกะสี[63]

การดัดแปลงทางพันธุกรรม

ปลาแซลมอนประเภทหนึ่งได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมเพื่อให้การเจริญเติบโตเร็วขึ้น แม้ว่ามันจะยังไม่ได้รับการอนุมัติให้ใช้ในเชิงพาณิชย์ก็ตามเนื่องจากได้รับการคัดค้าน[64] การศึกษาชิ้นหนึ่งในห้องปฏิบัติการพบว่าปลาแซลมอนดัดแปลงที่ปะปนกับญาติในธรรมชาติของพวกเขาได้แข่งขันกันอย่างเข้มข้น แต่ล้มเหลวในที่สุด[65]