ไวรัสไข้หวัดใหญ่กลุ่ม A พบในสัตว์หลายชนิด รวมทั้งเป็ด ไก่ สุกร มนุษย์ วาฬ ม้า และแมวน้ำ[3]ส่วนไวรัสไข้หวัดใหญ่กลุ่ม B เวียนไปอย่างกว้างขวางโดยหลักในมนุษย์ แม้ก็พึ่งพบในแมวน้ำเมื่อไม่นานนี้[4]สายพันธุ์ไข้หวัดใหญ่อาจตั้งชื่อตามโปรตีนหุ้มผิวคือเฮแม็กกลูทินิน (hemagglutinin, HA หรือ H) ซึ่งมี 18 อย่าง และนูรามินิเดส (neuraminidase, NA หรือ N) ซึ่งมี 9 อย่าง ตัวอย่างก็คือ ไวรัส H3N2 มีเฮแม็กกลูทินินชนิด 3 และมีนูรามินิเดสชนิด 2ไข้หวัดใหญ่นกบางสายพันธุ์ (ซึ่งไข้หวัดใหญ่กลุ่ม A สายพันธุ์อื่น ๆ ทั้งหมดเชื่อว่ามีกำเนิดมาจาก[2])สามารถติดสุกรและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่น ๆเมื่อไข้หวัดใหญ่สองสายพันธุ์ติดเซลล์หนึ่งพร้อม ๆ กัน โปรตีนหุ้มที่เป็นแคปซิด (capsid) และลิพิดก็จะนำออก เปิดอาร์เอ็นเอแล้วถอดรหัสเป็นเอ็มอาร์เอ็นเอเซลล์ถูกเบียนก็จะสร้างไวรัสใหม่ ๆ ที่รวมแอนติเจนไวรัสเดิมเข้าด้วยกันยกตัวอย่างเช่น ไวรัส H3N2 บวก H5N1 สามารถก่อไวรัส H5N2 ด้วยวิธีนี้เพราะระบบภูมิคุ้มกันมนุษย์ไม่รู้จักไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่เช่นนี้ เชื้อสายพันธุ์ใหม่จึงอาจอันตรายมากและก่อโรคระบาดทั่วได้[3]

ไวรัสไข้หวัดใหญ่ที่ได้ผ่านกระบวนการนี้ได้ระบาดทั่วเป็นไข้หวัดใหญ่เอเชียปี 1957 และไข้หวัดใหญ่ฮ่องกงปี 1968 และก่อความกลัวเรื่องไข้หวัดใหญ่สุกรระบาดทั่วในปี 1976และจนกระทั่งเร็ว ๆ นี้ กระบวนการเช่นนี้ก็เชื่อว่าก่อการระบาดทั่วของไข้หวัดใหญ่สเปนปี 1918 ซึ่งทำให้คนเสียชีวิต 40~100 ล้านคนทั่วโลกแต่งานศึกษาเมื่อต้นคริสต์ศตวรรษนี้แสดงว่า โรคระบาดทั่วในปี 1918 มีเหตุจากไวรัสนกล้วน ๆ ที่ผ่านกระบวนการนี้กลายเป็นรูปแบบที่สามารถติดมนุษย์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ[5][6]ส่วนการระบาดของไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 เนื่องกับไวรัส H1N1 เกิดจากกระบวนการนี้และการเข้าชุดยีนใหม่ระหว่างไวรัสต่าง ๆ รวมทั้งของมนุษย์ นก และสุกร[7]สถานการณ์ที่น่าเป็นห่วงเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ก็คือโอกาสการเกิดกระบวนการนี้ระหว่างไข้หวัดใหญ่นกกับไข้หวัดใหญ่มนุษย์เพราะอาจก่อสายพันธุ์ที่ร้ายแรงมาก