การแยกศาสนจักรกับอาณาจักร (อังกฤษ: separation of church and state) เป็นแนวคิดทางปรัชญาและนิติปรัชญาที่กำหนดให้มีระยะห่างทางการเมืองในความสัมพันธ์ขององค์การศาสนาและรัฐชาติ โดยเนื้อหาแล้ว แนวคิดนี้หมายถึงการสร้างรัฐที่เป็นฆราวาส (ไม่ว่าจะมีการแบ่งแยกระหว่างฝ่ายศาสนากับฝ่ายรัฐไว้โดยชัดแจ้งตามกฎหมายหรือไม่ก็ตาม) รวมถึงการยุบเลิกหรือเปลี่ยนแปลงความสัมพันธ์มีอยู่อย่างเป็นทางการในระหว่างศาสนากับรัฐ[1]ในสังคมหนึ่ง ๆ ระดับการแบ่งแยกทางการเมืองระหว่างศาสนากับรัฐนั้นย่อมกำหนดตามโครงสร้างทางกฎหมายและแนวคิดทางกฎหมายที่นิยมอยู่ในเวลานั้น เช่น หลักความยาวแขน (arm's length principle) ซึ่งนำเสนอรูปแบบความสัมพันธ์ที่ทั้งสองมีปฏิสัมพันธ์กันในฐานะหน่วยงานที่มีอำนาจหน้าที่ต่างหากจากกันแนวคิดเรื่องการแยกศาสนจักรกับอาณาจักรนั้นเป็นปรัชญาคู่ขนานกับแนวคิดฆราวาสนิยม (secularism), คตินิยมยุบเลิกศาสนจักร (disestablishmentarianism), เสรีภาพทางศาสนา (religious liberty), และพหุนิยมทางศาสนา (religious pluralism) ซึ่งด้วยแนวคิดเหล่านี้ รัฐในยุโรปจึงรับเอาบทบาทบางอย่างในทางสังคมขององค์การศาสนามาเป็นของตน เป็นการเปลี่ยนแปลงหน้าที่ทางสังคมที่ก่อให้เกิดประชากรและพื้นที่สาธารณะที่เป็นฆราวาสในทางวัฒนธรรม[2]ในทางปฏิบัติแล้ว การแยกศาสนจักรกับอาณาจักรแตกต่างกันไปในแต่ละท้องที่ บางประเทศ เช่นฝรั่งเศส ใช้แนวคิดความเป็นฆราวาสอย่างเคร่งครัด บางประเทศแยกศาสนากับรัฐจากกันอย่างสิ้นเชิงโดยบัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญ เช่น อินเดีย และสิงคโปร์ ขณะที่บางประเทศ เช่น เดนมาร์ก สหราชอาณาจักร และมัลดีฟส์ ยังยอมรับนับถือศาสนาประจำรัฐอยู่ในทางรัฐธรรมนูญ[3]