การแลกเปลี่ยนชิ้นส่วนระหว่างโครโมโซมคู่พี่น้อง (อังกฤษ: Sister chromatid exchange;SCE ) เป็นการแลกเปลี่ยนสารพันธุกรรมระหว่างโครโมโซมคู่พี่น้องหรือซิสเตอร์โครมาติด (sister chromatids) ถูกค้นพบครั้งแรกโดยใช้การย้อมสีแบบจิมซา ระหว่างซิสเตอร์โครมาติดในการแบ่งเซลล์ระยะก่อนแอนาเฟส พบว่ามีบางชิ้นส่วนที่ถูกย้อม ส่งต่อไปยังโครโมโซมคู่พี่น้องที่ไม่ได้ย้อมเหตุผลของการแลกเปลี่ยนชิ้นส่วนไม่ทราบแน่นอน แต่ใช้เป็นตัวทดสอบการก่อกลายพันธุ์ของสารพิษ การแลกเปลี่ยนตั้งแต่ 14-100 จุดขึ้นไปถือว่าไม่ปกติ พบในโรคบางชนิดเช่น Bloom syndrome ที่มีการแลกเปลี่ยน 100-160 จุดต่อการแบ่งเซลล์แบบไมโอซิส การแลกเปลี่ยนที่ความถี่สูงมีความเกี่ยวข้องกับการเกิดเนื้องอกและพบบ่อยในผู้ป่วย B51(+) Behçet's disease.[1]