ช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 16-19 โปรตุเกสได้ส่งทาสจากแอฟริกาตะวันตกมายังอเมริกาใต้ ชาวแอฟริกันจำนวนมากถูกนำตัวมายังประเทศบราซิล (ประมาณ 4 ล้านคน) ทาสเหล่านี้ได้นำวัฒนธรรมพวกเขามาด้วย เหล่าทาสได้ถูกแบ่งออกไปเป็นกลุ่ม ๆ เพื่อที่แยกย้ายกันไปทำงานในที่ต่าง ๆ ในทาสกลุ่มนี้จะมีคนจากหลายพื้นที่และต่างวัฒนธรรมมารวมกัน หลังจากที่ทาสเหล่านี้อยู่ด้วยกันต่างก็แลกเปลี่ยนและซึมซับวัฒนธรรมซึ่งกันและกัน

ในกลุ่มชุมชนเล็ก ๆ นี้ กาโปเอย์ราได้เริ่มก่อตัวและพัฒนาเพื่อใช้ในการต่อสู้และป้องกันตัวจากทหารชาวโปรตุเกส และเริ่มมีการสอนกาโปเอย์ราให้กับคนอื่น ๆ โดยที่จะฝึกหัดกันในวันอาทิตย์ซึ่งเป็นวันหยุดพักของทาส แต่เนื่องจากทาสนั้นไม่ได้รับอนุญาตให้ฝึกศิลปะป้องกันตัว การฝึกจึงถูกแต่งเติมไปด้วยการเต้นและร้องเพลงซึ่งเป็นวัฒนธรรมของชาวแอฟริกาอยู่แล้ว เพื่อที่จะใช้บังหน้าจากการฝึกกาโปเอย์รา

ต่อมาหลังจากมีการเลิกทาส ในช่วง ค.ศ. 1888 ชาวแอฟริกาบางส่วนเดินทางกลับ แต่บางส่วนยังคงอาศัยอยู่ในบราซิล แต่เนื่องด้วยไม่มีงานทำมากนัก จึงทำให้หลายกลุ่มกลายเป็นอันธพาล พวกเขายังคงฝึกกาโปเอย์ราอยู่และกลายเป็นพวกต่อต้านรัฐบาลก่ออาชญากรรม เมื่อมีการนำกาโปเอย์ราไปใช้ในทางที่ผิด ทางรัฐบาลของบราซิลจึงมีคำสั่งให้กาโปเอย์รานั้นเป็นสิ่งผิดกฎหมาย (ช่วงปี ค.ศ. 1890) ผู้ฝ่าฝืนจะถูกจับ แต่ก็มีบางส่วนที่ขัดขืนก็จะถูกยิง โดยที่ตำรวจในสมัยนั้นก็ฝึกฝนกาโปเอย์ราด้วยเช่นกัน เพื่อที่จะใช้ต่อสู้กับผู้ฝ่าฝืนได้

จนกระทั่งถึงช่วงที่บราซิลทำสงครามกับปารากวัย รัฐบาลบราซิลได้จัดตั้งกลุ่มนักรบขึ้นมากลุ่มหนึ่งซึ่งเป็นนักสู้กาโปเอย์รา โดยเรียกว่า "กองทหารดำ" (Black Military) จะส่งไปรบกับปารากวัย โดยสามารถนำชัยชนะมาให้กับบราซิลได้ นั่นทำให้เหล่านักสู้กาโปเอย์ราได้รับการยกย่องอีกครั้ง

มานูแอล ดุส เรย์ส มาชาดู (อาจารย์บิงบา) และวีเซ็งชี เฟเรย์รา ปัสชิญญา บิดาแห่งกาโปเอย์รายุคใหม่ โดยมาชาดูได้ก่อตั้งโรงเรียนสอนกาโปเอย์ราแห่งแรก (ในปี ค.ศ. 1942) ขึ้นมา นี่เป็นก้าวสำคัญที่แสดงให้เห็นว่า กาโปเอย์ราเป็นศิลปะการต่อสู้ที่ถูกกฎหมาย และได้ทำให้กาโปเอย์รากลับมาสู่ความนิยมอีกครั้ง