โครงสร้างหลักของเบอร์ซาตูมี 3 ส่วนคือ

1. สภาสูงสุดหรือสภาซูรอ มีหน้าที่ร่างและกำหนดนโยบายและแต่งตั้งกรรมการบริหาร
2. คณะกรรมการบริหาร (Majis Eksekutif)มีหน้าที่นำนโยบายมาปฏิบัติและควบคุมการทำงานของคณะทำงาน
3. คณะทำงาน (Baro baro) ประกอบด้วยหน่วยงานหลายแผนก มีการเปลี่ยนแปลงไปตามสถานการณ์

การเคลื่อนไหวของเบอร์ซาตูเน้นการเคลื่อนไหวทางการเมือง ส่วนการเคลื่อนไหวด้วยอาวุธมักเป็นภาระของพูโลและบีอาร์เอ็น หลักการต่อสู้ของเบอร์ซาตูที่สำคัญมี 6 ข้อคือ

1. ก่อตั้งรัฐมลายูอิสลาม
2. ใช้หลักการต่อสู้ทางศาสนา (ญิฮาด) ด้วยอาวุธ
3. ต่อต้านรัฐไทย
4. เรียกร้องให้ประเทศมุสลิมสนับสนุน
5. เรียกร้องให้ประเทศและขบวนการต่างๆต่อสู้เพื่อปัตตานี
6. ร่วมมือกับขบวนการปลดแอกทุกกลุ่ม