พ.ศ. 2520 เกิดความแตกแยกในหมู่แกนนำบีอาร์เอ็น จน พ.ศ. 2522 อามีนแยกตัวไปตั้ง บีอาร์เอ็น โคออร์ดิเนต พ.ศ. 2526 มีการประชุมสมัชชา เลือกผู้นำใหม่คือ เปาะนูซา ยาลิล และตั้งชื่อขบวนการใหม่ว่าบีอาร์เอ็น คองเกรส ส่วนอุสตาซ อับดุลการิม ฮัสซัน ผู้นำเดิมหมดอำนาจลงโดยสิ้นเชิง จึงรวบรวมกำลังไปตั้งองค์กรใหม่เรียก บีอาร์เอ็น อูลามา

บีอาร์เอ็น คองเกรส

เป็นกองกำลังติดอาวุธ มีเป้าหมายเพื่อก่อกวนและสร้างปัญหาทางสังคมจิตวิทยา เพื่อดำรงสภาพของตนไว้ เน้นการรบแบบจรยุทธ์ ไม่สร้างที่พักถาวร แต่ใช้การหลบหนีข้ามพรมแดน ฐานทางเศรษฐกิจมาจากการเรียกเก็บค่าคุ้มครอง และขู่กรรโชกส่วนแบ่งจากการซื้อขายที่ดิน การสนับสนุนจากต่างประเทศมีน้อย มีความสัมพันธ์กับขบวนการอื่นในต่างประเทศ เช่น กลุ่มโมโร ขบวนการอาเจะฮ์เสรี และกลุ่มที่เคลื่อนไหวในหมู่เกาะโมลุกกะ

ศักยภาพการเคลื่อนไหวขององค์กรลดลงหลังไทยปรับเปลี่ยนนโยบายเมื่อ พ.ศ. 2523 สถานะปัจจุบัน ประธานคือ รอสะ บูราซอ กำลังทหารเหลืออยู่ไม่มากนัก ส่วนใหญ่กระจายเป็นกลุ่มเล็ก ๆ

บีอาร์เอ็น โคออร์ดิเนต

ความเคลื่อนไหวของกลุ่มนี้ไม่ชัดเจน การข่าวของไทยเชื่อว่า เป็นกลุ่มที่อิงผู้นำทางศาสนาและนักการเมือง โดยใช้การเคลื่อนไหวทางศาสนาเป็นเกราะกำบังเพื่อขยายเครือข่ายสู่กลุ่มเยาวชน เป็นกลุ่มที่เข้มแข็งที่สุด จากคำอ้างของกลุ่ม มีสมาชิกเป็นแสนคน และเป็นผู้บงการขบวนการก่อความไม่สงบสุขอาร์เคเค

บีอาร์เอ็น อูลามา