คงกฤช หงษ์วิไล เริ่มงานการเมืองโดยการเป็นรองนายกสภาองค์การบริหารส่วนจังหวัดปราจีนบุรี และสมาชิกองค์การบริหารส่วนจังหวัดปราจีนบุรี 2 สมัย ต่อมา คงกฤช หงษ์วิไล ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดปราจีนบุรีครั้งแรก ในการเลือกตั้งแทน สมาน ภุมมะกาญจนะ จากพรรคไทยรักไทย ซึ่งถูกใบเหลือง โดยเขาสังกัดพรรคความหวังใหม่ และได้รับเลือกตั้งอีกครั้งในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2548 สังกัดพรรคไทยรักไทย และได้รับเลือกสมัยที่ 3 ในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2550 สังกัดพรรคพลังประชาชน ต่อมาพรรคพลังประชาชนถูกยุบพรรค เขาจึงย้ายไปร่วมงานกับพรรคเพื่อแผ่นดิน

คงกฤช เคยเป็นกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาร่างพระราชบัญญัติงบประมาณรายจ่ายประจำปี 2545 และ 2549 และเป็นประธานคณะกรรมาธิการการสื่อสารและโทรคมนาคม สภาผู้แทนราษฎรไทย ชุดที่ 23 ในปี พ.ศ. 2550

ต่อมาในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2554 เขาได้ลงสมัครรับเลือกตั้งในนามพรรคชาติพัฒนาเพื่อแผ่นดิน แต่ไม่ได้รับเลือกตั้ง โดยได้รับคะแนนเป็นลำดับที่ 3 และในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2562 เขาได้ลงสมัครรับเลือกตั้งในนามพรรคเพื่อไทย[1] แต่ก็ไม่ได้รับเลือกตั้ง

คงกฤช ถูกกล่าวถึงทางสื่อมวลชน กรณีเป็นผู้ประสานงานการเป็นเจ้าภาพงานศพในจังหวัดปราจีนบุรี ของ ทักษิณ ชินวัตร[2][3]