• ให้คำปรึกษาแก่รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ
• ให้คำปรึกษาหรือข้อแนะนำเกี่ยวกับศาสนาอิสลามแก่คณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัด และคณะกรรมการอิสลามประจำมัสยิด
• แต่งตั้งคณะอนุกรรมการเพื่อปฏิบัติงานตามที่คณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทยมอบหมาย
• ออกระเบียบเกี่ยวกับการจัดการทรัพย์สินและการจัดหาผลประโยชน์ของสำนักงานคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดและมัสยิด
• ออกระเบียบวิธีการดำเนินงานและควบคุมดูแลการบริหารงานของคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดและคณะกรรมการอิสลามประจำมัสยิด
• ปฏิบัติหน้าที่เป็นคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดในจังหวัดที่ไม่มีคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัด ในการนี้คณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทยจะมอบหมายให้คณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดที่ใกล้เคียงปฏิบัติหน้าที่แทนก็ได้
• พิจารณาวินิจฉัยคำร้องคัดค้านของกรรมการอิสลามประจำมัสยิดซึ่งพ้นจากตำแหน่งเนื่องจากคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดมีมติให้พ้นจากตำแหน่งหรือมีพการกระทำที่ไม่สมควรกับตำแหน่ง
• จัดทำทะเบียนทรัพย์สิน เอกสารและบัญชีรายรับรายจ่ายของสำนักงานคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทยให้ถูกต้องตามความเป็นจริง
• ออกประกาศและให้คำรับรองเกี่ยวกับกิจการศาสนาอิสลาม
• ส่งเสริมสนับสนุนการจัดกิจกรรมทางศาสนา และการศึกษาศาสนาอิสลาม
• ประสานงานกับหน่วยราชการที่เกี่ยวข้องในกิจการที่เกี่ยวกับศาสนาอิสลาม
• ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัติการบริหารองค์กรศาสนาอิสลาม พ.ศ. 2540[1]

นอกจากนี้แล้วคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทยยังเป็นองค์กรสำคัญในการประสานความร่วมมือในการจัดงานเมาลิดกลางแห่งประเทศไทย