อำนาจหน้าที่ของ คตส.เป็นไปตาม ประกาศ คปค.ฉบับที่ 30 โดยเฉพาะข้อ 9 ได้บัญญัติว่า

ในกรณีที่คณะกรรมการตรวจสอบมีมติว่าผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองหรือบุคคลใดกระทำความผิดต่อตำแหน่งหน้าที่ หรือทุจริต หรือร่ำรวยผิดปกติ ให้ส่งรายงานเอกสารหลักฐานพร้อมทั้งความเห็นไปยังอัยการสูงสุด เพื่อให้อัยการสูงสุดดำเนินการต่อไปตามพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามทุจริตแห่งชาติ พ.ศ. 2542 และพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยวิธีพิจารณาคดีอาญาผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง พ.ศ. 2542 โดยให้ถือว่ามติของคณะกรรมการตรวจสอบเป็นมติของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริต

ในกรณีที่อัยการสูงสุดมีความเห็นแตกต่างแต่คณะกรรมการตรวจสอบมีความเห็นยืนยันความเห็นเดิม ให้คณะกรรมการตรวจสอบมีอำนาจดำเนินการให้มีการยื่นคำร้องต่อศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง หรือศาลที่มีเขตอำนาจพิจารณาพิพากษาคดีแล้วแต่กรณี