สตง. ถูกปรับเปลี่ยนให้มีการบริหารงานแบบ "คณะกรรมการ" ต่อมาในปี พ.ศ. 2545 ได้มีการประกาศใช้ "พระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการตรวจเงินแผ่นดิน พ.ศ. 2542" และมี คตง. ชุดแรกใน ปี พ.ศ. 2543 และมี คตง. ชุดที่สองในปี พ.ศ. 2547

ชุดที่หนึ่ง (พ.ศ. 2543)

ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ 14 เมษายน พ.ศ. 2543 พระบรมราชโองการ ประกาศ แต่งตั้งประธานกรรมการและกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (จำนวน ๑๐ ราย) ถึง 14 เมษายน พ.ศ. 2547

• ปัญญา ตันติยวรงค์ ประธานกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• จารุวรรณ เมณฑกา กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (พ้นจากตำแหน่ง 31 ธันวาคม พ.ศ. 2544). พระบรมราชโองการ ประกาศ แต่งตั้งผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน (นางจารุวรรณ เมณฑกา)
• จิระพรรณ นิรัติศัย กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• พลโท ฉัตรชัย อุเทนสุต กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• ชัยเชต สุนทรพิพิธ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• คุณหญิง นงเยาว์ ชัยเสรี กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• ปรัชญา สูตะบุตร กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• ปัญญา สติฐิต กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• รวีพร คูหิรัญ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• ศุลีมาศ สุทธิสัมพัทน์ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• นรชัย ศรีพิมล กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (แทนจารุวรรณ เมณฑกา ตั้งแต่ 28 ตุลาคม พ.ศ. 2545 พระบรมราชโองการ ประกาศ แต่งตั้งกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (นายนรชัย ศรีพิมล)

ชุดที่สอง (พ.ศ. 2547)

ชุดที่สอง ได้รับเลือกจากวุฒิสภา เมื่อวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ. 2547 และวันที่ 12 ตุลาคม พ.ศ. 2547 จำนวน 9 คน ได้รับแต่งตั้งเมื่อ 5 ธันวาคม พ.ศ. 2547 ประกาศพระบรมราชโองการ ประกาศแต่งตั้งประธานกรรมการและกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (จำนวน ๑๐ ราย)

• นรชัย ศรีพิมล ประธานกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (ต่อเนื่องจากชุดที่หนึ่ง)
• รวีพร คูหิรัญ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• บุญรอด โบว์เสรีวงศ์ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• ศศิพัฒน์ เศวตวัฒนา กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• เกรียงศักดิ์ วัฒนวรางกูร กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• พลโท สมชาย วิรุฬหผล กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• ชาญยุทธ ปทุมารักษ์ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• พลเอก ยอดชาย เทพยสุวรรณ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• สำราญ ภูอนันตานนท์ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• สิทธิพันธ ศรีเพ็ญ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน

ชุดที่สาม (พ.ศ. 2557)

ได้รับแต่งตั้งเมื่อวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2557 พระบรมราชโองการ ประกาศแต่งตั้งผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน

• ศาสตราจารย์พิเศษ ชัยสิทธิ์ ตราชูธรรม ประธานกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• ปิยพันธุ์ นิมมานเหมินท์ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• อุไร ร่มโพธิหยก กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• สุทธิพล ทวีชัยการ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (ลาออกไปดำรงตำแหน่งเลขาธิการคณะกรรมการกำกับและส่งเสริมการประกอบธุรกิจประกันภัย)
• จิรพร มีหลีสวัสดิ์ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• กรพจน์ อัศวินวิจิตร กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• วิทยา อาคมพิทักษ์ กรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (ลาออกไปดำรงตำแหน่งกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ)
• [1]

ชุดที่สี่ (พ.ศ. 2560)

ได้รับแต่งตั้งเมื่อวันที่ 26 กันยายน พ.ศ. 2560 พระราชโองการประกาศแต่งตั้งประธานกรรมการและกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน[2]

• พลเอก ชนะทัพ อินทามระ เป็นประธานกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• นาง ยุพิน ชลานนท์นิวัฒน์ เป็นกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• นาย พิมล ธรรมพิทักษ์พงษ์ เป็นกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• นางสาว จินดา มหัทธนวัฒน์ เป็นกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• นาย วีระยุทธ ปั้นน่วม เป็นกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• นาย สรรเสริญ พลเจียก เป็นกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน
• ศาสตราจารย์ ดร. อรพิน ผลสุวรรณ์ สบายรูป เป็นกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน