อำนาจหน้าที่ของ กนพ. มีดังต่อไปนี้

1. พิจารณาให้ความเห็นชอบและเสนอร่างหลักเกณฑ์และวิธีการสนับสนุนการจัดตั้งและดำเนินการเขตพัฒนาเศรษฐกิจพิเศษ ตลอดจนร่างแผนแม่บท แผนงานหรือโครงการและแผนปฏิบัติการต่อคณะรักษาความสงบแห่งชาติเพื่อพิจารณาอนุมัติ
2. กำหนดแนวทางให้หน่วยงานถือปฏิบัติเพื่อให้การพัฒนาเขตพัฒนาเศรษฐกิจพิเศษรวมทั้งการส่งเสริมการค้าเสรีภายใต้กรอบอาเซียนหรือข้อตกลงภายใต้กรอบเศรษฐกิจอื่น หรือการค้าบริเวณพรมแดนระหว่างประเทศไทยกับประเทศเพื่อนบ้านเป็นไปโดยเหมาะสมและมีประสิทธิภาพ
3. กำกับดูแล ติดตามและประเมินผลการดำเนินงานตามแผนแม่บท ตลอดจนให้คำแนะนำหรือข้อเสนอแนะเพื่อแก้ไขปัญหาหรืออุปสรรคในการดำเนินการตามแผนแม่บท แผนงานหรือโครงการหรือแผนปฏิบัติการ และรายงานผลการดำเนินงานต่อคณะรักษาความสงบแห่งชาติ
4. แต่งตั้งคณะอนุกรรมการหรือคณะทำงานได้ตามความเหมาะสม
5. เชิญเจ้าหน้าที่ บุคคล หรือหน่วบงานที่เกี่ยวข้องมาชี้แจง หรือเรียกเอกสารจากบุคคลหรือหน่วยงานที่เกี่ยวข้องมาเพื่อประกอบการพิจารณาได้ตามความจำเป็น
6. ออกระเบียบ ประกาศ และคำสั่ง เพื่อปฏิบัติการตามคำสั่งนี้
7. เสนอแนะต่อคณะรักษาความสงบแห่งชาติเพื่อให้มีกฎระเบียบ หรือปรับปรุงแก้ไขกฎระเบียบที่จำเป็นต่อการจัดตั้งและดำเนินการเขตพัฒนาเศรษฐกิจพิเศษ
8. ปฏิบัติการอื่นใดเพื่อให้เป็นไปตามคำสั่งนี้ หรือตามที่คณะรักษาความสงบแห่งชาติหรือหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติมอบหมาย