มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้ดำเนินการจัดตั้งหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการสิ่งแวดล้อมขึ้นในปี พ.ศ. 2531 และรับนักศึกษารุ่นแรกใน ปี พ.ศ. 2532 โดยมีจุดมุ่งหมายที่จะผลิตบุคลากรในระดับปริญญาโท ทางด้านการจัดการสิ่งแวดล้อม เพื่อสนองตอบความต้องการนักวิชาการด้านนี้ของประเทศ และเพื่อสนับสนุนและส่งเสริมการวิจัยในประเด็นปัญหาด้านสิ่งแวดล้อม และนาผลการวิจัยเข้าถึงประชาชนกลุ่มปฏิบัติงานที่เกี่ยวข้อง หรือกลุ่มที่ได้รับผลกระทบ โดยเน้นที่จะให้ความรู้ ทักษะ และวิธีการในการแก้ไขปัญหาด้านสิ่งแวดล้อม ตลอดจนการประเมินผลกระทบจากกระบวนการพัฒนาทางเศรษฐกิจและสังคมที่มีต่อทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม[2]

ซึ่งต่อมา หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาการจัดการสิ่งแวดล้อม ได้รับการแต่งตั้งเป็น “คณะการจัดการสิ่งแวดล้อม มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์” ใช้ชื่อภาษาอังกฤษว่า “Faculty of Environmental Management, Prince of Songkla University” ตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่ม 113 ตอนที่ 44 ก วันที่ 3 ตุลาคม 2539

คณะการจัดการสิ่งแวดล้อม มีพันธกิจหลักในการดาเนินงาน คือ มุ่งสร้างบัณฑิต ผลิตงานวิจัย รับใช้สังคม โดยมีจุดประสงค์เพื่อผลิตองค์ความรู้จากงานวิจัยในประเด็นที่เกี่ยวข้องกับการจัดการสิ่งแวดล้อม และเพื่อนาความรู้ไปถ่ายทอดสู่การบริการวิชาการ ร่วมขับเคลื่อนการพัฒนาประเทศให้ยั่งยืน