ในปี พ.ศ. 2543 มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้มีแนวคิดในการจัดการศึกษาด้านการแพทย์แผนไทย ในระดับปริญญาตรี เพื่อเป็นการอนุรักษ์ สืบทอด และพัฒนาภูมิปัญญาด้านการแพทย์แผนไทย ให้เกิดประโยชน์ต่อการดูแลสุขภาพของคนไทย เป็นส่วนหนึ่งของการสร้างความเข้มแข็งในการพึ่งพาตนเองด้านการดูแลสุขภาพของประชาชน กระทั่งในปี พ.ศ. 2547 มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้จัดตั้ง “โครงการจัดตั้งคณะการแพทย์แผนไทย” เพื่อรองรับการเปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการแพทย์แผนไทย โดยได้เปิดรับนักศึกษาในปีการศึกษา 2548 เป็นปีการศึกษาแรก “โครงการจัดตั้งคณะการแพทย์แผนไทย” ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งเป็น “คณะการแพทย์แผนไทย” ในปี พ.ศ. 2550 (ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุม ครั้งที่ 302 (9/2550) เมื่อวันที่ 8 ธันวาคม 2550)

และในปี พ.ศ. 2552 คณะการแพทย์แผนไทยได้ปรับปรุงหลักสูตรเป็น “หลักสูตรการแพทย์แผนไทยบัณฑิต” ได้ใช้หลักสูตรปรับปรุง ตั้งแต่ปีการศึกษา 2553 ถึงปีการศึกษา 2554 และเนื่องจากได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง กรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2552 ในปี พ.ศ. 2554 จึงได้ปรับปรุงหลักสูตรอีกครั้งเพื่อให้เป็นไปตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิที่กำหนด โดยยังคงใช้ชื่อ “หลักสูตรการแพทย์แผนไทยบัณฑิต” และใช้หลักสูตรปรับปรุงใหม่นี้ ตั้งแต่ปีการศึกษา 2555 เป็นต้นมา ในการจัดการเรียนการสอน จะสอนและฝึกให้ผู้เรียนสามารถออกไปประกอบวิชาชีพด้านการแพทย์แผนไทยได้เป็นอย่างดี ทั้งในด้านการวินิจฉัยโรค การใช้ยารักษาโรค การปรุงยาแผนไทย การนวดไทย และการผดุงครรภ์ไทย ตามหลักการของการแพทย์แผนไทย[1]