เมื่อคณะคาร์เมไลท์แพร่หลายทั่วทวีปยุโรปเป็นเวลาหลายศตวรรษ นักบวชคาร์เมไลท์ทั้งชายและหญิงเริ่มไม่เคร่งครัดในวินัย จนถึงศตวรรษที่ 16 ได้เกิดกระแสเรียกร้องการปฏิรูปคณะนักบวชต่าง ๆ ให้เคร่งครัดในวินัยมากขึ้น ภายในคณะภคินีคาร์เมไลท์ก็มีภคินีเตเรซาแห่งอาบีลาดำเนินการปฏิรูปก่อนแล้ว โดยท่านได้ร่างแผนการปฏิรูปตั้งแต่ ค.ศ. 1563 ให้นักบวชคาร์เมไลท์หันกลับไปรักษาวินัยดั้งเดิมของคณะอย่างเคร่งครัด โดยไม่มีการผ่อนปรน

ในปี ค.ศ. 1567 ท่านได้รับอนุญาตจากอัคราธิการคณะคาร์เมไลท์ให้ตั้งอารามใหม่สำหรับการปฏิรูป ภายในช่วงเวลาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1567 จนถึง 1571 จึงตั้งอารามที่เมืองเมดีนา เดล กัมโป, วายาโดลิด, โตเลโด, ปัสตรานา, ซาลามังกา, และอัลบา เด ตอร์เมส

นอกจากนี้ ท่านยังได้ชักชวนภราดายอห์นแห่งนักบุญมัทธีอัส (ซึ่งต่อมารู้จักกันในนามนักบุญยอห์นแห่งไม้กางเขน) ซึ่งขณะนั้นอายุได้เพียง 25 ปีให้ทำการปฏิรูปคณะ ภราดายอห์นตอบตกลง ในฤดูร้อนปีต่อมา ภคินีเตเรซาได้ส่งภราดายอห์นไปสร้างอารามคณะคาร์เมไลท์ปฏิรูปที่ดูรูเอโย (Duruello) ซึ่งถือว่าเป็นอารามแห่งแรกของคณะภราดาคาร์เมไลท์ปฏิรูป[2]

วัตรปฏิบัติของคณะคาร์เมไลท์กลุ่มนี้เคร่งครัดมาก เน้นการอธิษฐาน ใช้ชีวิตแบบยากจน สันโดษ เดินด้วยเท้าเปล่า ด้วยเหตุนี้จึงได้ชื่อว่า คณะคาร์เมไลท์ไม่สวมรองเท้า (Order of Discalced Carmelites)[2]

เมื่อตั้งอารามแล้ว ปรากฏว่ามีภราดาสนใจเข้าร่วมการปฏิรูปอย่างต่อเนื่องทำให้คณะปฏิรูปเริ่มขยายตัว และเกิดการต่อต้านอย่างหนักจากภราดาที่ต้องการผ่อนปรนวินัย อย่างไรก็ตาม คณะคาร์เมไลท์ปฏิรูปก็ได้รับอนุมัติจากสันตะสำนักให้มีสิทธิ์ในการปกครองตนเองอย่างสมบูรณ์ไม่ต้องขึ้นกับคณะคาร์เมไลท์เดิม ในวันที่ 20 ธันวาคม ค.ศ. 1593[2]