คณะทรัพยากรธรรมชาติ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ก่อตั้งขึ้นในวันที่ 21 ตุลาคม 2518 และประกาศใน หนังสือราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 92 ตอนที่ 217 ใช้ชื่อภาษาอังกฤษว่า Faculty of Natural Resources มี ผศ.ดร.เจือ สุทธิวนิช เป็นคณบดีคนแรกของคณะ[1]

คณะทรัพยากรธรรมชาติได้เปิดรับนักศึกษารุ่นแรกในปี 2520 จำนวน 60 คน ในหลักสูตร วิทยาศาสตรบัณฑิต (เกษตรศาสตร์) สาขาวิชาพืชศาสตร์ สัตวศาสตร์ และพัฒนาการเกษตร และหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (อุตสาหกรรมเกษตร) และเริ่มรับนักศึกษาบัณฑิตศึกษาในปี 2530 ในหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ สาขาวิชาเทคโนโลยีอาหาร และสาขาวิชาพืชศาสตร์ และเริ่มรับนักศึกษาหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาพืชศาสตร์ ปี 2543 สาขาวิชาวาริชศาสตร์ ปี 2547 สาขาวิชาการจัดการทรัพยากรเกษตรเขตร้อน ปี 2550 และสาขาวิชาการผลิต เทคโนโลยีและการจัดการยางธรรมชาติ (นานาชาติ) ปี 2557 (ยกเลิกหลักสูตร ปีการศึกษา 2563) ซึ่งทางคณะมีวัตถุประสงค์เพื่อปฏิบัติงานวิชาการ และการพัฒนาองค์ความรู้ต่าง ๆ ด้านการเกษตร การจัดการทรัพยากรธรรมชาติ โดยเฉพาะทรัพยากรที่สามารถฟื้นฟูได้ เช่น ทรัพยากรเกษตร ประมง ดิน น้ำ ป่าไม้และสิ่งแวดล้อม