คณะสืบประวัติมาจากคณะประสานเสียงเด็กชายในพระราชวังของจักรพรรดิออสเตรีย เริ่มต้นมาตั้งแต่สมัยกลางโดยจัดตั้งขึ้นตามพระราชเลขาของจักรพรรดิมักซีมีเลียนที่ 1 แห่งราชวงศ์ฮับส์บูร์ก ในวันที่ 30 มิถุนายน พ.ศ. 2041 เมื่อทรงย้ายพระราชวังจากเมืองอินส์บรุคไปยังเวียนนา โดยมีพระราชบัญชาให้ว่าจ้างผู้ควบคุมนักร้อง 1 คน นักร้องชายเสียงเบส (เสี่ยงต่ำสุดของชาย) 2 คน และเด็กชายอีก 6 คน (โดยภายหลังเพิ่มเป็น 14-20 คน)โดยมี Jurij Slatkonja (ต่อมาเป็นบิชอปแห่งเวียนนา) เป็นผู้อำนวยการคนแรกของคณะบทบาทของคณะที่มีจำนวนระหว่าง 24-26 คน ก็เพื่อให้เสียงร้องร่วมสำหรับพิธีมิสซาในโบสถ์ นอกจากนั้นแล้ว พี่น้องเด็กชายตระกูลไฮเดิ้น ยังเป็นสมาชิกของคณะประสานเสียงแห่งมหาวิหารเซนต์สตีเฟนซึ่งในช่วงเวลานั้นผู้อำนวยการของคณะมหาวิหารคือ เกออร์ก ร็อยท์เทอร์ (Georg Reutter II) ได้อาศัยคณะนี้เพื่องานดนตรีของเขาในพระราชวัง ซึ่งในเวลานั้นยังไม่มีนักร้องเด็กชายเองในศตวรรษต่อ ๆ มา คณะนี้ได้ร่วมงานกับนักประพันธ์ดนตรีผู้มีชื่อเสียงมากมายรวมทั้ง Heinrich Isaac, Paul Hofhaimer, Heinrich Ignaz Biber, Johann Fux, Antonio Caldara, คริสท็อฟ วิลลีบัลท์ กลุค, อันโตนีโอ ซาลีเอรี, ว็อล์ฟกัง อมาเดอุส โมทซาร์ท, ฟรันทซ์ ชูเบิร์ท (ผู้เป็นอดีตนักร้อง), และ Anton Bruckner[6]

จนกระทั่งปี พ.ศ. 2461 วงศ์ดุริยางค์ของพระราชวังรวมทั้งคณะประสานเสียง ได้เล่นดนตรีเพื่อกิจในพระราชวัง ในพิธีมิสซา ในงานสังสรรค์ส่วนบุคคล และในกิจราชการเพียงเท่านั้นในปี พ.ศ. 2463 ตามการล่มสลายของจักรวรรดิออสเตรีย วงดนตรีแห่งพระราชวังก็ได้สลายตัวแต่ว่า พระอธิการของโบสถ์แห่งพระราชวัง Josef Schnitt ในเวลานั้นต้องการดำรงประเพณีสืบต่อไปในปี พ.ศ. 2467 คณะประสานเสียงเด็กชายแห่งเวียนนาจึงได้ตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการ โดยได้ทุนเริ่มต้นจากเงินส่วนตัวของพระอธิการ จนได้กลายมาเป็นคณะดนตรีมืออาชีพ (เนื่องจากเงินบริจาคเพียงอย่างเดียวไม่เพียงพอต่อการดูแลเด็ก ๆ) ที่ออกแสดงในสถานที่ต่าง ๆคณะได้เริ่มใช้เครื่องแบบกะลาสีสีขาว-น้ำเงินที่ปัจจุบันรู้จักกันดี โดยเป็นเครื่องแบบวัดตัดเย็บในโรงเรียน ทดแทนเครื่องแบบนักเรียนทหารมหาดเล็กที่มีดาบพกด้วย[11]ที่ใช้เครื่องแบบนี้ก็เพราะในเวลานั้น ครอบครัวคนชั้นกลางมักแต่งตัวเด็กชายในชุดกะลาสีนักแต่งเพลงทรงอิทธิพล HK Gruber เป็นนักเรียนเก่าของคณะที่ปฏิรูปแล้วนี้คนหนึ่ง[12]

ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2491 คณะได้ใช้พระราชวังเก่า คือ Palais Augarten เป็นที่ฝึกซ้อมและโรงเรียนกินนอน ซึ่งเริ่มตั้งแต่ชั้นอนุบาลไปจนถึงมัธยม 2 (ปัจจุบันถึงมัธยมปลาย)ในปี พ.ศ. 2504 บริษัทวอลต์ดิสนีย์ได้สร้างหนังเรื่อง Almost Angels เป็นภาพยนตร์นิยายเกี่ยวกับและแสดงโดยคณะเด็กชาย และถ่ายทำที่พระราชวังที่เป็นโรงเรียนเพื่อรมณีย์ยภาพแห่งภาพยนตร์ ตัวนายดิสนีย์เอง จึงได้เกลี้ยกล่อมรัฐบาลประเทศออสเตรียเพื่ออนุญาตให้เด็กใส่เครื่องแบบที่มีเครื่องหมายประจำชาติบนหน้าอกด้านซ้ายอย่างถูกกฎหมายได้ ซึ่งเป็นประเพณีที่ยังสืบมาจนถึงทุกวันนี้

นาย เจอรัลด์ เวิร์ธ (อดีตเด็กนักร้อง) ได้เป็นผู้อำนวยการทางศิลป์ (artistic director) ของคณะตั้งแต่ปี 2544ตั้งแต่นั้น คณะได้ตกอยู่ใต้แรงกดดันที่จะพัฒนาให้ทันสมัยขึ้น และได้ถูกวิพากษ์วิจารณ์เรื่องมาตรฐานทางดนตรี ซึ่งทำให้คณะได้แยกตัวออกจากคณะอุปรากร Vienna State Operaและเป็นครั้งแรกที่คณะต้องโฆษณาหานักร้องใหม่ หลังจากที่ผู้อำนวยการของคณะอุปรากรได้จัดตั้งโรงเรียนคณะประสานเสียงอีกที่หนึ่งโดยเป็นคู่แข่งเพราะเขาได้บ่นถึงทั้งมาตรฐานที่แย่ลงและการประสานงานที่ไม่ดีของคณะคือ เขาบอกว่า บางครั้งคณะอุปรากรได้ฝึกเด็กเพื่อบทบาทในอุปรากรโดยเฉพาะ แต่พบว่า พอถึงวันแสดง เด็กกลับไม่อยู่เนื่องจากได้ออกเดินทางไปกับคณะโดยมีเด็กบางคนชอบโรงเรียนคู่แข่งมากกว่า เพราะมีบรรยากาศที่สบาย ๆ กว่า และจ่ายค่าแสดงให้กับนักเรียนโดยตรง[13]

VBC ได้พยายามปรับปรุงภาพพจน์ของตน โดยอัดเสียงเพลงป็อป แล้วสร้างเครื่องแบบทางเลือกนอกเหนือไปจากชุดกะลาสีที่ใช้ตั้งแต่คริสต์ทศวรรษที่ 1920 ซึ่งช่วยให้เด็กสามารถเต้นรำไปด้วยเมื่อร้องเพลง[14]และตั้งแต่เดือนกันยายน พ.ศ. 2556 นาย เจอรัลด์ เวิร์ธ ก็ได้รับตำแหน่งเป็นประธานบริหารขององค์กรเพิ่มขึ้นอีกด้วย[6][7][15]

ในปี พ.ศ. 2553 หลังจากเกิดการแจ้งเหตุทารุณกรรมทางเพศโดยอดีตนักร้อง 2 คนที่เกิดในช่วงปลายคริสต์ทศวรรษที่ 1960 และต้น 1980 คณะได้เปิดโทรศัพท์และอีเมลสายตรงเพื่อให้โอกาสคนอื่นแจ้งเหตุการณ์ที่เกิดกับตน โดยผู้ดำเนินการเป็นมืออาชีพและผู้เชี่ยวชาญอิสระนอกโรงเรียนและได้มีอดีตนักร้องที่อาจเป็นผู้รับเคราะห์ 8 คนที่แจ้งว่าได้ถูกทารุณโดยเจ้าหน้าที่ผู้ใหญ่หรือสมาชิกเด็กคนอื่น ๆ[16]ซึ่งต่อมาคณะสรุปว่ามีผู้แจ้งเหตุรวมทั้งหมด 11 รายที่โดยมากแจ้งบ่นเรื่องระบบการศึกษาที่เข้มงวดเกินไป โดยมีแค่ 2-3 กรณีที่เป็นทารุณกรรมทางกายหรือทางเพศจริง ๆ

ในปีเดียวกัน โรงเรียนได้จัดตั้งคณะประสานเสียงประจำโรงเรียนที่รวมนักเรียนชายหญิงในระดับมัธยมทั้งหมด (นอกเหนือไปจากเด็กชายที่ยังอยู่ในคณะประสานเสียง) โดยตั้งชื่อว่า Chorus Juventus (จัดตั้งในปี พ.ศ. 2553) ซึ่งรวมเสียงชายหญิงทุกระดับ (จากโซปราโนจนถึงเบส) โดยฝึกร้องเพลงในห้องเรียน และต่างจากคณะประสานเสียงประจำโรงเรียนอื่น ๆ เพราะมีการฝึก 3 ครั้งต่ออาทิตย์ครั้งละ 2 ชม. มีงานคอนเสิร์ตที่แสดงแก่สาธารณชน และการแสดงเดี่ยว