คณะรัฐศาสตร์ มีประวัติศาสตร์ยาวนานมา 38 ปี เป็นมหาวิทยาลัยที่มีการสอนวิชารัฐศาสตร์แห่งแรกในพื้นที่ภาคใต้ และในปัจจุบันคณะรัฐศาสตร์ยังเป็นคณะที่มีบทบาทสำคัญในการศึกษาและแก้ไขปัญหาความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย

เดิมรัฐศาสตร์มีฐานะเป็นเพียงวิชาโทและสนับสนุนวิชาของเอกพัฒนาสังคมและเอกภูมิศาสตร์ พ.ศ. 2521 มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ได้พิมพ์เอกสารหลักสูตร เปิดรับนักศึกษาใหม่ผิดพลาด โดยระบุว่ามีวิชาเอกรัฐศาสตร์อยู่ด้วย จึงมีนักศึกษาจำนวน 34 คนเรียนวิชาเอกนี้ พอเข้ามาศึกษาแล้ว ช่วงเทอม 2 ปรากฏว่า อาจารย์นิภา ไชยเศวต แจ้งว่ายังไม่ได้ขอหลักสูตรเปิดเป็นวิชาเอกรัฐศาสตร์ นักศึกษาทั้ง 34 คน จึงส่งรายชื่อถึง อ.มาเนาะ ยูเด็น เพื่อร้องเรียนในเรื่องดังกล่าว เดือนมกราคม พ.ศ. 2523 ขีดเส้นตายให้นักศึกษาจำเป็นต้องเลือกวิชาเอก โดยได้รับการกดดันจากฝ่ายบริหารมหาวิทยาลัย และอาจารย์บางท่านในคณะด้วย จึงทำให้เหลือผู้ตั้งใจจริงเพียง 7 คน ปลายปี พ.ศ. 2524 หลังจากที่เข้าไปเจรจาทั้งกับทางคณะ และมหาวิทยาลัย ร่วมประชุมกันหลายหน โดยมีอาจารย์ที่ช่วยเหลืออย่างเต็มที่ และเต็มใจ คือ อาจารย์ กวี ศิริธรรม (ปัจจุบันเสียชีวิตแล้ว) อาจารย์พีรยศ ราฮิมมูลา อาจารย์มาเนาะ ยูเด็น และอาจารย์วันเนาว์ ยูเด็น โดย อาจารย์ พีรยศ ได้รับมอบหมายให้แก้ไขปัญหาดังกล่าว จึงเดินทางไปเสนอหลักสูตร ที่ทบวงมหาวิทยาลัย ยกฐานะของรัฐศาสตร์ให้เป็นวิชาเอก โดยแบ่งรัฐศาสตร์ เป็น 2 แผน คือ แผน ก. รัฐศาสตร์ทั่วไป และแผน ข. รัฐศาสตร์ท้องถิ่นจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยให้เหตุผลว่า จังหวัดปัตตานีเป็นพื้นที่พิเศษ รัฐศาสตร์ของปัตตานีจึงควรมีอะไรที่พิเศษด้วย ทางทบวงมหาวิทยาลัย จึงยอมรับหลักสูตรดังกล่าว และได้รับการอนุมัติตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมาและได้มีการปรับปรุงหลักสูตรดังกล่าว เมื่อปี พ.ศ. 2537

ต่อมาได้มีการจัดตั้งคณะรัฐศาสตร์เป็นหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ที่จัดตั้งขึ้นตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 279 (3/2548) เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2548 เพื่อให้เป็นคณะที่เชื่อมโยงการปกครองกับวัฒนธรรมท้องถิ่นภาคใต้ เพื่อทำหน้าที่ผลิตบัณฑิต ทำการวิจัย บริการวิชาการ และทำนุบำรุงศิลปะและวัฒนธรรม โดยเน้นการเรียนการสอนสาขาวิชาการปกครอง นโยบายสาธารณะ และความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ ที่เชื่อมโยงกับวัฒนธรรมท้องถิ่น และสอดคล้องกับสภาพการเมือง การปกครอง เศรษฐกิจ และสังคม ในพื้นที่ภาคใต้ โดยได้ตัดโอนอัตราอาจารย์จำนวน 6 อัตรา จากแผนกวิชาเอกรัฐศาสตร์ภาควิชาสังคมศาสตร์ คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2548 และในภาคการศึกษา 1/2549 ได้ตัดโอนหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต วิชาเอกรัฐศาสตร์ และนักศึกษาชั้นปีที่ 1 สาขาวิชารัฐศาสตร์ จำนวน 94 คน มาสังกัดคณะรัฐศาสตร์