คณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เกิดจากการสนับสนุนทางวิชาการจาก ศ.ดร.บุญทัน ดอกไธสง อดีตศาสตราจารย์ประจำคณะรัฐประศาสนศาสตร์ สถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ และอดีตสมาชิกวุฒิสภาจังหวัดนครราชสีมา และรองประธานวุฒิสภา ซึ่งท่านได้มีโอกาสเข้ามาเป็นกรรมการพิจารณาหลักสูตรรัฐประศาสนศาสตร์ ระดับปริญญาตรีและโทในปลายปี พ.ศ. 2547 ต่อมา ศ.ดร.บุญทัน ดอกไธสง ได้เสนอให้เปิดรัฐประศาสนศาสตร์ระดับปริญญาเอกเมื่อปี พ.ศ. 2548

เดิมคณะรัฐศาสตร์สังกัดคณะนิติศาสตร์และรัฐศาสตร์ ตอนแรกมหาวิทยาลัยอุบลราชธานีได้ริเริ่มจัดตั้งคณะนิติศาสตร์ก่อน โดยอาจารย์ทางรัฐศาสตร์ช่วยสอนวิชาพื้นฐาน จากนั้นไม่นานกลับปรากฏว่างานทางรัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์ขยายตัว เนื่องจากแนวโน้มของการกระจายอำนาจไปสู่ท้องถิ่นและการพัฒนาความรู้ทางด้านจัดการภาครัฐแนวใหม่ อีกทั้งการศึกษารัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์มีความเด่น เป็นที่รู้จักแพร่หลายและเป็นวิชาชีพที่มีประโยชน์ต่อการปฏิบัติโดยตรง ขณะเดียวกันความต้องการของผู้เรียนในพื้นที่ก็มีเพิ่ม มากขึ้นเรื่อย ๆ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานีซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยหลักในภาคอีสานตอนใต้จึงต้องการพัฒนาเพื่อเป็นศูนย์กลางของการเรียนการสอนและการวิจัยทางรัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์ การที่รัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์รวมอยู่กับนิติศาสตร์ในตอนต้นนั้นจึงกลายเป็นอุปสรรค เพราะลักษณะวิชานิติศาสตร์กับรัฐศาสตร์แตกต่างกันมาก กับทั้งในทรรศนะของมหาวิทยาลัย อื่น ๆ แล้ว ต่างก็เป็นคณะที่ใหญ่ด้วยกัน ซึ่งแต่ละคณะมีกลุ่มเป้าหมายและสาขาแยกย่อยออกไปอีกจำนวนมาก โดยเฉพาะการพัฒนาทางรัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์มีหลักสูตร ที่แตกแขนงออกถึง 8 หลักสูตร ได้แก่

• หลักสูตรรัฐศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการปกครอง
• หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารองค์การ
• หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการปกครองท้องถิ่น
• หลักสูตรรัฐศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการปกครอง
• หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารองค์การ
• หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการปกครองท้องถิ่น
• หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรดุษฎีบัณฑิต
• หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการปกครองท้องถิ่น (โครงการพิเศษ)

คณะรัฐศาสตร์ แยกตัวออกมาจากคณะนิติศาสตร์ เมื่อกลางปี พ.ศ. 2549 โดยผ่านการประชุมคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยเมื่อวันที่ 24 กันยายน พ.ศ. 2549 และสภามหาวิทยาลัยมีมติเมื่อวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2549 ได้จัดตั้งเป็น วิทยาลัยรัฐประศาสนศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ปัจจุบันได้เปลี่ยนชื่อเป็น คณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี และเป็นคณะรัฐศาสตร์แห่งแรกของภูมิภาคตะวันออกเฉียงเหนือ