เมื่อปี พ.ศ. 2481 มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เริ่มเปิด "แผนกวิชาการบัญชี" และ "แผนกคอมพิวเตอร์ธุรกิจ" ในอดีตสังกัดวิทยาลัยเทคนิคนราธิวาส กรมอาชีวศึกษาในขนาดนั้น จนกระทั่งวันที่ 8 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2548 หลังจากนั้นได้โอนมาเป็นคณะจึงได้สถาปนาเป็นคณะพาณิชยศาสตร์และสารสนเทศ(วิทยาการจัดการ)มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เป็นสถาบันการศึกษาแห่งแรกของจังหวัดนราธิวาส ที่ผลิตบุคลากรเพื่อสนองความต้องการของธุรกิจของประเทศซึ่งมีการพัฒนาและเจริญก้าวหน้ามากขึ้น

พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ พ.ศ. 2548 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 122 ตอนที่ 14 ก เมื่อวันที่ 8 กุมภาพันธ์ 2548 และมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2548 โดยหลอมรวมกิจการ ทรัพย์สิน งบประมาณ รายได้ หนี้สิน บุคลากร ของสถาบันการศึกษาที่มีศักยภาพในการพัฒนาจังหวัดนราธิวาส จำนวน 4 สถาบัน คือ วิทยาลัยเทคนิคนราธิวาส วิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีนราธิวาส วิทยาลัยการอาชีพตากใบและวิทยาลัยพยาบาลบรมราชชนนีนราธิวาส

คณะวิทยาการจัดการ เป็นคณะหนึ่งของมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ซึ่งจัดตั้งขึ้นตามกฎกระทรวงจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2549 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 123 ตอนที่ 118 ก เมื่อวันที่ 27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อขยายโอกาสทางการศึกษาให้นักศึกษาในเขตพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ ได้มีโอกาสศึกษาต่อเนื่องจนถึงระดับปริญญาตรี โดยได้เปิดรับนักศึกษาในหลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต(ต่อเนื่อง) สาขาวิชาการจัดการทั่วไป รุ่นแรกเมื่อปีการศึกษา 2548 โดยมีที่ตั้งสำนักงานที่อาคาร 14 วิทยาลัยเทคนิคนราธิวาส เลขที่ 49 ถ.ระแงะมรรคา ต.บางนาค อ.เมือง จ.นราธิวาส