แต่เดิมโครงการจัดตั้ง "คณะวิทยาการจัดการ มหาวิทยาลัยศิลปากร" ไม่ได้อยู่ในแผนแม่บทของโครงการจัดตั้งวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี พ.ศ. 2540 – 2549 ฉบับแรก มหาวิทยาลัยวางแผนจะตั้งคณะวิชา เพื่อให้สอดคล้องกับการขยายตัวของเศรษฐกิจ และสังคมในภูมิภาคตะวันตกบนฐานสาขาวิชาที่มหาวิทยาลัยมีศักยภาพอยู่แล้ว อย่างไรก็ดี มหาวิทยาลัยได้ทบทวนแผนแม่บทตามสถานการณ์ของเศรษฐกิจและงบประมาณที่เปลี่ยนแปลงไปในทางที่ลดลงเป็นอย่างมาก ในช่วงเวลานั้นจึงบรรจุคณะวิทยาการ (ซึ่งครอบคลุมสาขาวิชาการจัดการโรงแรม การจัดการการท่องเที่ยวและการจัดการด้านศิลปวัฒนธรรม) ลงในแผนแม่บทเมื่อ พ.ศ. 2543

โครงการจัดตั้งวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรีนั้น เกิดขึ้นในช่วงที่เศรษฐกิจของประเทศมีปัญหา ดังนั้นการจัดตั้งวิทยาเขตแห่งใหม่จึงมิอาจเป็นวิทยาเขตที่สมบูรณ์แบบเหมือนวิทยาเขตพระราชวังสนามจันทร์ จังหวัดนครปฐมได้ สถานการณ์งบประมาณของมหาวิทยาลัยขณะนั้นทำให้นโยบายการจัดการศึกษาที่สำคัญของวิทยาเขตแห่งใหม่ เน้นการพึ่งพาตนเองด้านงบประมาณ จัดตั้งให้เป็นหน่วยงานในกำกับ การประหยัดโดยใช้ทรัพยากรร่วมกันของหน่วยงานภายในวิทยาเขต การใช้เทคโนโลยีสารสนเทศเข้าช่วยในการจัดการเรียนการสอน ลดภาระเงินเดือน ค่าจ้างในระยะยาว

อาจารย์ พุฒ วีระประเสริฐ เริ่มเป็นอธิการบดีเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2543 ได้มอบหมายให้รองอธิการบดีฝ่ายวางแผนและพัฒนา (อาจารย์ ชัยชาญ ถาวรเวช) เป็นผู้รับผิดชอบโครงการจัดตั้งคณะวิชาที่จัดการเรียนการสอนในวิทยาเขตแห่งใหม่ เนื่องจาก คณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร ยังไม่สามารถจัดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรีได้ จึงต้องจัดตั้งคณะวิทยาการจัดการ เพื่อจัดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรีให้ได้ในปีการศึกษา 2545 โดยสภามหาวิทยาลัยให้ความเห็นชอบโครงการจัดตั้งคณะวิทยาการจัดการ เมื่อวันที่ 19 มีนาคม พ.ศ. 2545 ในระยะแรกจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต 3 สาขาวิชาได้แก่ การจัดการการท่องเที่ยว การจัดการชุมชน และรัฐประศาสนศาสตร์ ซึ่งต่อมาได้มีการเพิ่มหลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรบัณฑิตขึ้น

จนกระทั่งในปีการศึกษา 2559 ทางมหาวิทยาลัยได้อนุมัติหลักสูตรบัญชีบัณฑิต และหลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการนิทรรศการและงานอีเว้นท์ขึ้น จนปัจจุบันคณะวิทยาการจัดการมีสาขาวิชารวมทั้งสิ้น 9 สาขา