เมื่อปี 2532 มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี เล็งเห็นว่าคณะวิชาด้านการสื่อสารเป็นสาขาวิชาที่กำลังได้รับความสนใจจากนักเรียน และตลาดแรงงานในขณะนั้นเป็นอย่างมาก จึงได้ริเริ่มดำเนินการ “โครงการจัดตั้งคณะเทคโนโลยีและวิทยาการสื่อสารและสารสนเทศ” ซึ่งภายหลังได้เปลี่ยนเป็น “โครงการจัดตั้งคณะวิทยาการสื่อสาร” และได้เริ่มต้นร่างหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชานิเทศศาสตร์ และหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ ในปี 2539

ต่อมาในปี 2540 ประเทศไทยประสบกับภาวะเศรษฐกิจวิกฤติ ทำให้การจัดตั้งหน่วยงานใหม่ภายในมหาวิทยาลัยหลายโครงการต้องหยุดชะงักไป รวมทั้งโครงการจัดตั้งคณะวิทยาการสื่อสารด้วย คณะกรรมการดำเนินงานฯ จึงร่วมมือกับภาควิชาบรรณารักษศาสตร์ คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ เปิดสอนหลักสูตรวิชาโทนิเทศศาสตร์ โดยเริ่มรับนักศึกษาวิชาโทรุ่นแรกในปีการศึกษา 2542

จนกระทั่งในปีการศึกษา 2545 โครงการจัดตั้งคณะวิทยาการสื่อสารได้รับอนุมัติให้จัดตั้งเป็น “คณะวิทยาการสื่อสาร” เป็นหน่วยงานภายในของมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ และในปีเดียวกันนั้นก็ได้เปิดสอนและรับนักศึกษารุ่นแรก ในหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชานิเทศศาสตร์ และในปีการศึกษา 2547 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสารเพื่อการจัดการ

ในปีการศึกษา 2548 คณะวิทยาการสื่อสารเปิดสอนอีก 2 หลักสูตร คือ หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการสื่อสารการตลาดเพื่อการพัฒนา และหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชานวัตกรรมการออกแบบสื่อและการผลิตสื่อ