นอกจากจัดการศึกษาทางด้านวิทยาศาสตร์แล้ว คณะวิทยาศาสตร์ยังเป็นที่ตั้งของพิพิธภัณฑ์หลายแห่ง ซึ่งรับผิดชอบโดยภาควิชาต่าง ๆ ของคณะ ได้แก่

• พิพิธภัณฑสถานธรรมชาติวิทยาแห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ตั้งอยู่ที่ตึกชีววิทยา 1 ภาควิชาชีววิทยา จัดแสดงความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตทั้งพืช สัตว์และความสัมพันธ์ของสิ่งมีชีวิตกับสภาพแวดล้อม[2]
• พิพิธภัณฑสถานธรณีวิทยา ตั้งอยู่ที่ตึกธรณีวิทยา ชั้น 1 ภาควิชาธรณีวิทยาจัดแสดงตัวอย่างหินชนิดต่าง ๆ ลักษณะชั้นหินและฟอสซิลที่ภาควิชาเก็บตัวอย่างมาจากการสำรวจ[3]
• พิพิธภัณฑ์เทคโนโลยีทางภาพ ตั้งอยู่ชั้น 3 และชั้น 6 ภาควิชาวิทยาศาสตร์ทางภาพถ่ายและเทคโนโลยีทางการพิมพ์ จัดแสดงประวัติศาสตร์เทคโนโลยีทางภาพและการพิมพ์ในประเทศไทย และความก้าวหน้าอย่างต่อเนื่องตั้งแต่ยุคเริ่มต้นจนถึงปัจจุบัน[4]
• พิพิธภัณฑสถานพืชศาสตราจารย์กสิน สุวะตะพันธุ์ ตั้งอยู่ที่ตึกพฤกษศาสตร์ ชั้น 4 ภาควิชาพฤกษศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์[5] จัดแสดงตัวอย่างพันธุ์ไม้ ทั้งตัวอย่างแห้ง ตัวอย่างรักษาสภาพโดยการดอง ตัวอย่างผล เมล็ด ละอองเรณู และสปอร์ ภาพถ่าย ภาพวาดสไลด์สีโปร่งแสง ตัวอย่างเนื้อไม้ ซากดึกดำบรรพ์ (fossil) เป็นที่ตั้งของฐานข้อมูล เฟิร์น กล้วยไม้เมืองไทยและพืชมีพิษของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
• พิพิธภัณฑ์หอยทากของไทย ตั้งอยู่ที่ชั้น 2 ห้อง 218 ตึกชีววิทยา 1 (ตึกขาว) คณะวิทยาศาสตร์[6]จัดแสดงนิทรรศการหอยทากที่พบในประเทศไทย พิพิธภัณฑ์แห่งนี้อยู่ในรายการบันทึกของพิพิธภัณฑ์สถานธรรมชาติวิทยาแห่งหนึ่งของโลก