คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น (อังกฤษ: Faculty of Science, Khon Kaen University) เป็นส่วนราชการไทยระดับคณะวิชา สังกัดมหาวิทยาลัยขอนแก่น กระทรวงศึกษาธิการ เป็นคณะวิชาที่จัดตั้งขึ้นพร้อมกับคณะเกษตรศาสตร์ และคณะวิศวกรรมศาสตร์ ซึ่งเป็นคณะแรกตั้งของการสถาปนามหาวิทยาลัย มีชื่อเดิมว่า "คณะวิทยาศาสตร์และอักษรศาสตร์"[2] เพื่อการจัดการบริหารมหาวิทยาลัยให้ดียิ่งขึ้น จึงมีการแยกภาควิชาที่เกี่ยวกับมนุษยศาสตร์ออกไปจัดตั้งเป็นคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ จึงมีการเปลี่ยนชื่อคณะเป็น "คณะวิทยาศาสตร์" นับแต่นั้นเป็นต้นมา