คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับการจัดตั้งวิทยาลัยวิชาการศึกษาบางแสน เมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม พ.ศ. 2498 เริ่มแรกใช้ชื่อคณะวิชาวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ มี 5 แผนกวิชา ได้แก่ แผนกวิชาคณิตศาสตร์ แผนกวิชาเคมี แผนกวิชาชีววิทยา แผนกวิชาฟิสิกส์ และแผนกวิชาวิทยาศาสตร์ ดำเนินการสอนวิทยาศาสตร์พื้นฐานให้กับหลักสูตรการศึกษาบัณฑิต (กศ.บ.) ร่วมกับคณะวิชาการศึกษา (ปัจจุบัน คือ คณะศึกษาศาสตร์) ผลิตระดับปริญญาตรีทางการศึกษา เพื่อไปเป็นครูวิทยาศาสตร์ในโรงเรียนมัธยมศึกษา

ในปี พ.ศ. 2517 วิทยาลัยวิชาการศึกษาได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตบางแสน และคณะวิชาวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ ได้เปลี่ยนชื่อเป็น คณะวิทยาศาสตร์